Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,746,288 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,746,288 | 0 | A | T | 99.6% | 532.2 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base T (116/112); total (116/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,289 | 0 | G | C | 99.6% | 527.2 / ‑6.7 | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (116/110); total (116/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.89e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,746,290 | 0 | C | G | 99.6% | 539.0 / NA | 229 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (115/113); total (116/113) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
CCGCTGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACAGTGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAG > CP042583/1746013‑1746567 ||| tGAATATCAGCCGTTGATTATTCACTACATCAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGAGCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCTAACATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAg < 1:2007680/289‑1 (MQ=255) aattgcggCCGTTGGTTATTACCGACCACACAGGCGGCGCGGGTCGTCTGGGGGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCa < 2:536259/282‑1 (MQ=255) atatAAGCAGTTGATTATTCACTACGAAAACGGGGGCGCGGTTCGTCTGGGCGCTGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCa < 2:184768/288‑1 (MQ=255) tcggCCGTTGATTAATCACTACAACAACGGCGGCGCGGTGCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACg < 2:665938/286‑1 (MQ=255) tCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGTCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACg < 1:389620/289‑1 (MQ=255) tCAGCCGTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACg < 1:1961824/289‑1 (MQ=255) gTTGATTATTCACTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGAtt > 1:1331976/1‑289 (MQ=255) aCTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggtggc < 2:948119/289‑9 (MQ=255) aCTACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggtggc < 1:2103327/289‑9 (MQ=255) tACAACAACGGCGGCGCGGTTCGTCTGGGCGATGTGGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATctcggtggc > 1:1418083/1‑279 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgcg > 1:2093930/1‑288 (MQ=255) tgtgGCGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTgc > 1:685222/1‑287 (MQ=255) cGACGGTGACCGACTCAGTGCAGGATGTGCGCAACGCCGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCCGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCCCTGTGGCGCTGGTGTTTCTGTGGGTGTTTTTATTCCTgctctcggg > 2:279957/1‑282 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |