| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,393 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,393 | 0 | A | T | 99.5% | 498.8 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (96/114); minor base C (1/0); total (97/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,394 | 0 | G | C | 99.5% | 495.7 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (95/115); total (97/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.55e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,395 | 0 | C | G | 99.5% | 499.0 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (96/115); minor base T (1/0); total (97/115) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
CGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCAGCCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCAGCGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCTCACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCC > CP042583/1746116‑1746672 ||| cGGGATGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCCCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGTTCGGGTCGCGCCACTATTATTCTCGCCGT‑TTCGGTGCCgttg > 2:1429444/1‑286 (MQ=255) aTGACCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGtttcg < 1:694623/288‑4 (MQ=255) aCCAACGCCAAACCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGtttcgctga > 1:642942/1‑282 (MQ=255) gcacaaCCGGCCATTTTACTGAGGTGCCTCAAACTGCCGAAAGCCAATATTATCCCGACGGTTGACAGCAACGGGACAAAATGACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAAGTGCCCAGGATCGCCCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACTCTGATTAGCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTa < 2:1215239/285‑1 (MQ=255) aCCGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGttt > 1:2216607/1‑289 (MQ=255) cGGCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgc < 1:1133475/289‑1 (MQ=255) gCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg > 1:2044156/1‑289 (MQ=255) gCTATTTTACTGATGATCCGCAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTgcgg > 1:584361/1‑289 (MQ=255) actgcggatCCGCAAACTGCCGGAGGCCAGACTTATCCGGGCGGTGGCCAGCATCCGGGAAAAATTACCGGAGTTGCAGGGAACCATTCCGGCGGCGATTGATCAGCAAATGGCCCAGGATCGCTCCCCCACCGTTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 2:48798/283‑1 (MQ=255) actgactgcccGCCAACTGCCGGACTCCAATATTAGCCAGCCGGTTGACAGCATCCGGGCAAACTTACCGGCGGTGCAGGAAACCCTTCCGGCGGGGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATGCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTAc < 2:1676358/280‑1 (MQ=255) 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cAAACTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTc > 1:1094540/1‑289 (MQ=255) aaaCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCa < 1:250838/289‑1 (MQ=255) ccTGCCGTAAGCCAATCTTATCATGACGGTTGACAGCATCCGGGCAACATTACGGTGGTGGAGGGAAACCATCCCGGCGGCGATTGGTCTGCAAATTCGCCAGGATCCCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 2:1131852/288‑1 (MQ=255) aCTGCCGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGt < 1:2250687/289‑1 (MQ=255) ccGGAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCa > 1:101019/1‑289 (MQ=255) cGGAAGCCAATTTGTGCCAGACGTTTGACAGCACCCGGGAAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCAATTGATCGGCAAATTGCCCCGGTTCGCTCCCCCCCCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCaa < 2:685222/289‑1 (MQ=255) gAAGCCAATATTATCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGGTGGTGATTGTGGTGGTGTTTTTATTCCTGCCGCCG‑GGTCGCCCCACCTTTTTTCCGGGCGTCTCGGGT‑CCGGTTTCGGTAGTGGTTACGTTTGCGGCTCTGTACCCGGCCGGATGCAGtcttcact > 2:1078700/1‑284 (MQ=255) agcgcatatTAGCCAGCGCGTTGACAGCATCCGGGCAAAATGACCGGGGTTGCGGGAAACCATTCCTGCGGGGATGGGTTTGCAAATTGCCCCGAGTCGCTCCCCCCCCATGCGCGCCTCGCTGGAAGATGTCGAGCAAACGCTGCTTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTGTTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAAc < 2:1567967/284‑1 (MQ=255) cAATATTATCATGACGGTTGACAGCACCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGTCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCTCCACCATTCGCGCCTCGCGGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGGGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCt < 1:1354325/288‑1 (MQ=255) atCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTCCCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttaa < 1:1483367/289‑8 (MQ=255) tCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttaat > 1:1465981/1‑281 (MQ=255) tCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttaat > 1:486321/1‑281 (MQ=255) tCCAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttaat > 1:340975/1‑281 (MQ=255) ccAGACGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTCCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTTCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATg < 1:2100838/289‑1 (MQ=255) aCGGTTGACAGCATCCGGGCAAAATTACCGGAGTTGCAGGAAACCATTCCGGCGGCGATTGATCTGCAAATTGCCCAGGATCGCTCCCCCACCATTCGCGCCTCGCTGGAAGAAGTCGAGCAAACGCTGATTATCTCGGTGGCGCTGGTGATTCTGGTGGTGTTTTTATTCCTG‑CGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGT‑TTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCtttcgttactggc > 1:372642/1‑276 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |