| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,746,621 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,746,621 | 0 | A | T | 99.6% | 551.1 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/109); minor base C (1/0); total (128/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,622 | 0 | G | C | 99.6% | 545.5 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/108); total (128/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.17e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,746,623 | 0 | T | A | 98.3% | 536.1 / NA | 237 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); major base A (125/105); minor base G (0/4); total (128/109) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
TGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTT > CP042583/1746343‑1746902 ||| tggtgTTTTTATTCCTGCGCTCGGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTTGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGc > 1:638454/1‑289 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gctcaaCTATTATTCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATggg < 1:1935531/284‑1 (MQ=255) attattCCCGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGc < 1:1545750/289‑1 (MQ=255) cccGCCGTTTCGGTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGcc < 1:1393750/289‑1 (MQ=255) gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCTCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCCGCCGCTGCTGTTTAGGGGCGGATTCCCggt > 2:1310353/10‑283 (MQ=255) gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCg > 1:501226/10‑287 (MQ=255) gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCg > 1:742086/10‑287 (MQ=255) gccgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCCCTGCTGTTGTTGGGCGGAGTGCCGGGTCgg > 2:593113/10‑287 (MQ=255) gccgtatcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGAGGCGATGTACCTGTGCGGAGTCAATCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGCTGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCATGTCATCTGGAAGAGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGATTTACGGTGCTGTCGATGAGTCTCTCACTGGTGGCGGTGTTACTGCCGTTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGAc > 2:873007/10‑289 (MQ=255) cgtttcggTGCCGGTTTCGCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTTCGTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAAACGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTGTACGGTGCTGTCGATGATTCTGTATCTCGTGGCGGTGTTCATGTCGCTGCTGTTTATTGGCGGATTGCCggtgcg > 2:419375/8‑281 (MQ=255) 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tgctgtcgaTGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCg < 1:1713609/280‑1 (MQ=255) ctgtcgaTGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCgtgg > 1:1470340/7‑289 (MQ=255) ctgtcgaTGAGTCTGTCACTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATATCGTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTGTGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGTCACTAAAATGGGTGCGCAATCATACCCGCCTGGTTGGCgtgg > 2:369499/7‑289 (MQ=255) 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TGGTGTTTTTATTCCTGCGCAGCGGTCGCGCCACTATTATTCCCGCCGTTAGCGTGCCGGTTAGCCTGATTGGTACGTTTGCGGCGATGTACCTGTGCGGATTCAGTCTCAATAACCTTAGCTTAATGGCGCT‑CACCATCGCTACTGGTTTCGTGGTGGATGACGCCATCGTGGTGCTGGAAAACATTGCACGTCATCTGGAAGCGGGAATGAAACCGTTGCAAGCCGCACTGCAAGGTACTCGCGAAGTCGGTTTTACGGTGCTGAGCATGAGTCTGAGTCTGGTGGCGGTGTTCCTGCCGCTGCTGTTGATGGGCGGATTGCCGGGCCGACTGTTACGCGAATTTGCCGTGACGCTTTCTGTCGCCATTGGTATAAGCTTGCTGGTTTCTCTGACATTAACGCCAATGATGTGTGGCTGGATGCTGAAAGCCAGCAAGCCGCGCGAGCAAAAGCGACTGCGTGGTTTTGGTCGCATGTTGGTAGCCCTGCAACAAGGCTACGGCAAGAGTCTAAAATGGGTGCTCAATCATACCCGTCTGGTGGGCGTGGTGCTGCTT > CP042583/1746343‑1746902 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 19 ≤ ATCG/ATCG < 35 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |