| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,390 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,390 | 0 | A | T | 99.1% | 750.3 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (147/167); minor base G (3/0); total (150/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,391 | 0 | G | C | 99.4% | 730.3 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (148/164); total (150/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,392 | 0 | C | G | 99.0% | 734.1 / NA | 317 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base G (146/165); total (150/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 317 total aligned reads displayed.
GCCAGAAATAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTAGCCTGGGCCTGGCGGGGAGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGT‑GGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTGGT‑CACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACAGCACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAATCTGGCGAGCAGCGGCAACAGCCTGCTGAGCATGATTATGCAATTGAGCATGAGTATCGGCGTCACTATCGCCGGGCTGTTGCTGGGACTTTTTGGTAGTCAGCATGTCAGCGTCGACAGCGGCACCACACAAAC > CP042583/1749111‑1749667 ||| gCCAGAAATAGCAACCGTCCCCTGTTCAGTCTTACTCTGTTCCGGCAGCGTCCCTTTTGGCTGGGACTGGCGCGGAGCTTTGCCGGGCGTATTGGCAGT‑GGGATGTTGCCCGTTATGACACCTGTTTTGCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACGGATGGTGATCCCGGTGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTTGTCGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGT‑Ca < 2:1240687/289‑1 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aTAACAACCGTGCCCTTTTCCGTTTGAAACTGTTCCGTACTCGTAGCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGTGGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGT‑GGCATGTTGCCCTTTATGACTCCGTTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGACGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGT‑CACCCtg < 2:1516504/287‑1 (MQ=255) tagcagtcGTGCCCTGTTGAGTCTGAAGCTGTTCCGTACTCGTACCGTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGTGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGT‑GGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGCTCCCGGTGGTGCTTGGCAGCATCGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTTGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGT‑CACCCtgttg < 2:1368745/282‑1 (MQ=255) tAACAACCGTGCCCTGTTCAGTCTGAAACTGTTCCGTACTCGTACCTTTTCGCTGGGCCTGGCGGGGGGCTTTGCCGGACGTATTGGCAGT‑GGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGT‑CACCCtgttg < 1:1496064/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |