| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,749,480 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,749,480 | 0 | A | T | 99.1% | 753.5 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (158/159); minor base C (1/2); total (159/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,481 | 0 | G | C | 99.7% | 757.1 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (158/161); minor base T (1/0); total (159/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,749,482 | 0 | C | G | 99.4% | 752.5 / NA | 320 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base G (156/160); total (159/161) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 320 total aligned reads displayed.
TTGGCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCAGCCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGAGCCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACAGCACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAATCTGGCGAGCAGCGGCAACAGCCTGCTGAGCATGATTATGCAATTGAGCATGAGTATCGGCGTCACTATCGCCGGGCTGTTGCTGGGACTTTTTGGTAGTCAGCATGTCAGCGTCGACAGCGGCACCACACAAACCGTCTTTATGTACACCTGGCTTAGCATGGCGTTGATCATCGCCCTTCCGGCGTTCATCTTTGCCAGAGTGCCGAACGATACGCATCAAAATG > CP042583/1749202‑1749759 ||| ggCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTtct < 2:1396734/289‑1 (MQ=255) ggCAGTGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTtct < 2:903014/289‑1 (MQ=255) tGGCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCtcctcc > 1:1667102/1‑289 (MQ=255) ggCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTctcctc < 1:1921435/287‑1 (MQ=255) ggCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCtcctcc < 2:944986/288‑1 (MQ=255) ggCATGTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCa > 1:336477/1‑289 (MQ=255) gTTGCCCTTTATGACACCGGTTTTCCTGCAAATTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAac > 1:1414146/1‑289 (MQ=255) 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aaTTGGCCTCGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAAt < 1:756678/289‑1 (MQ=255) cGGTTTCTCGCCGTTTCATGCCGGACTGATGATGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAATCTGGCGagc < 1:616512/289‑1 (MQ=255) ggccGTTTCATGCCGGACGGATGAGGATCCCGATGGTGCTTGGCAGCATGGGAATGAAGCGAATTGTGGTACAGGTGGTGAATCGCTTTGGTTATCGTCGGGTACTGGTAGCGACCACGCTGGGTCTGTCGCTGGTCACCCTGTTGTTTATGACTACCGCCCTGCTGGGCTGGTACTACGTTTTGCCGTTCGTCCTGTTTTTACAAGGGATGGTCAACTCGACGCGTTTCTCCTCCATGAACACCCTGACGCTGAAAGATCTCCCGGACAATCTGGCGAGCAGCGGCaa < 2:347403/287‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |