Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,750,058 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,750,058 | 0 | A | T | 99.7% | 770.4 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,750,059 | 0 | G | C | 100.0% | 770.3 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (173/150); total (173/150) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,750,060 | 0 | C | G | 99.4% | 776.0 / NA | 323 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (173/148); minor base T (0/2); total (173/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 323 total aligned reads displayed.
GCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGCCACTT > CP042583/1749786‑1750337 ||| gcAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTTCATTTGAACACGATAATTCGGAAGATAAAcccggc < 2:580127/288‑1 (MQ=255) 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GCGCAATGAAGTTCTGGCGACCCGGTATTACCGGCAAACTGTTTCTGGCGATTTTCGCCACCTGCATTGTCTTGCTGATCAGTATGCACTGGGCGGTGCGTATCAGTTTTGAGCGTGGCTTTATTGATTACATCAAGCATGGTAATGAACAGCGATTACAACTGTTAAGTGATGCGCTTGGCGAGCAGTATGCGCAGCATGGCAACTGGCGCTTCCTGCGCAACAATGATCGCTTTGTCTTTCAGATCCTGCGTAGTTTTGAACACGATAATAGCGAAGATAAACCCGGCCCGGGTATGCCACCGCACGGCTGGCGTACCCAGTTCTGGGTGGTTGATCAAAACAACAAAGTGCTGGTTGGTCCGCGAGCGCCGATTCCACCTGACGGTACACGGCGACCCATTCTGGTCAACGGTGCGGAAGTTGGCGCGGTGATCGCCTCCCCCGTTGAGCGGTTAACGCGCAATACTGATATCAATTTCGATAAACAACAGCGGCAAACCAGCTGGTTGATTGTCGCCCTGGCAACGTTACTCGCGGCACTTGCCACTT > CP042583/1749786‑1750337 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |