Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,753,799 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,753,799 | 0 | A | T | 100.0% | 596.2 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,753,800 | 0 | G | C | 99.6% | 586.4 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (125/119); total (127/120) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,753,801 | 0 | C | G | 100.0% | 586.1 / NA | 247 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (127/120); total (127/120) |
Only 100 of 247 total aligned reads displayed.
TCTTTTGGATGTTTTTTCAGCGTTTTCTGTTGGCTCGATTCATCAGAAAAAATGTTAGCGCGGTCAAGTTTTCACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGAGCTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGAGCTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGAGCCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACT > CP042583/1753522‑1754080 ||| aTGTTTTTTCAGCGTTTTCTGTTGGCTCGATTCATCAGAAAAAATGTTAGCGCGGTCAAGTTTTCACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGTCGTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCa < 2:2069061/288‑1 (MQ=255) 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tGGCTGGTCGTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGTCGCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCTCGGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACTCGCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACt < 1:1451918/289‑1 (MQ=255) ||| TCTTTTGGATGTTTTTTCAGCGTTTTCTGTTGGCTCGATTCATCAGAAAAAATGTTAGCGCGGTCAAGTTTTCACCGCAAAGGTATTTAAAAGGTATTATTAAGTGGTATTGTCATCGCGTACCTTACATTACCTGTCATGAAGGAATTAAAAGATGAAAACAACAGCAAAGCTGAGCTTCATGATGTTTGTTGAATGGTTTATCTGGGGCGCGTGGTTTGTGCCATTGTGGTTGTGGTTAAGTAAAAGCGGTTTTAGTGCCGGAGAAATTGGCTGGAGCTATGCCTGTACCGCCATTGCGGCGATCCTGAGCCCAATTCTGGTTGGCTCCATCACTGACCGCTTTTTCAGCGCGCAAAAAGTGCTGGCGGTATTGATGTTCGCAGGCGCGCTGCTGATGTATTTCGCTGCGCAACAGACCACTTTTGCCGGGTTCTTCCCGTTACTGCTGGCCTACAGCCTAACCTATATGCCGACCATTGCGCTGACTAACAGCATCGCTTTTGCCAACGTGCCGGATGTTGAGCGTGATTTCCCGCGCATTCGTGTGATGGGCACT > CP042583/1753522‑1754080 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |