Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 516,216 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 516,216 | 0 | A | T | 99.0% | 713.6 / ‑5.2 | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); major base T (136/162); minor base C (2/1); total (138/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 516,217 | 0 | G | C | 99.7% | 721.9 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (138/163); minor base A (0/1); total (138/164) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 516,218 | 0 | T | A | 100.0% | 730.8 / NA | 302 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (138/164); total (138/164) |
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
TTTCTGTCGATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTAGTGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTAGTAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCCCGATTAATTTTGATGAAGACAGCGATCCGGCACAGAGTATTATTGAACAAACGGCAGGTCACCGGGGCGTGGATGCAGTAATAGACGCCGTCGGTTTTGAAGCGAAAGGCAGCACCACGGAAACGGTGCTGACTAACCTG > CP042583/515936‑516497 ||| tttCTGTCGATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGtt < 1:1504754/289‑1 (MQ=255) tttCTGACGATTGCAACCATATGCCGCCTGGGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGAGACCAGCTCCGGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGtt < 2:1431251/289‑1 (MQ=255) ttCTGTCGATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTg < 1:943656/289‑1 (MQ=255) ttCTGTCGATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTg < 1:1586707/289‑1 (MQ=255) ttCTGTCAGTTGCAACAAAATGCCGCGTGCGAAAATACCAATTGGGGTAAAGG‑GCTCGCGCTCAATAACAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTg < 2:18071/289‑1 (MQ=255) gATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTa < 1:1742528/289‑1 (MQ=255) aacaaTATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGAGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGc < 1:496618/289‑1 (MQ=255) atGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTcc < 1:2247976/289‑1 (MQ=255) cgccTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCGCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCAAACAAGGTCCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCtgtt > 1:567722/1‑288 (MQ=255) aaaTACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGAttgt < 2:1059522/287‑1 (MQ=255) aaTGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCTGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATc > 1:1651132/1‑288 (MQ=255) aTGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGc < 1:441495/289‑1 (MQ=255) aTGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGc < 1:312102/289‑1 (MQ=255) ggTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTg < 2:936786/244‑1 (MQ=255) gTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCtgtg > 2:1742412/1‑288 (MQ=255) aaaGGCGCT‑GCGCTCAATAAACACCAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTAGAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCa < 2:111943/288‑1 (MQ=255) aaaGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCa < 1:1372470/288‑1 (MQ=255) ct‑gcgctCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCTAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGc < 1:763252/274‑1 (MQ=255) t‑gcgctCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCt < 1:1162233/288‑1 (MQ=255) t‑gcgctCAAGAAAGAGCAGATACCAGCTCCAGCGGTATTGGTTGGGTATAGTTACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCATGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAATGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTGTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCt < 2:76748/288‑1 (MQ=255) t‑gcgctCAAAAAAAACCAGATAGCAGTCCCGTGGGCATTGTTTGGTTATAGGTACCTGTATGGCTGGGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCt < 2:1179053/288‑1 (MQ=255) aCAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGAtt > 1:1553221/1‑289 (MQ=255) 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ccAGCGGCATGGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGatc < 1:1147/289‑1 (MQ=255) ggCGGCCTTGTTTGGTTATAGTCACCTGTAGGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGAAGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGATTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGatcat < 2:247311/288‑1 (MQ=255) cgCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCGGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGatcat < 2:635451/288‑1 (MQ=255) 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ttCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGTAACAGATTTTTGTTGTTTATCTTTATCCCTACCTCCTGCATTTCGTCGCCGCCCgtcacg > 2:1963946/1‑283 (MQ=255) ttCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACg > 1:1790911/1‑288 (MQ=255) ttCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTTCAGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTTCAAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACg > 1:666785/1‑288 (MQ=255) 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TTTCTGTCGATTGCAACAATATGCCGCCTGCGAAAATACCAATGCGGGTAAAGGCGCT‑GCGCTCAATAAAAAACAGATACCAGCTCCAGCGGCATTGTTTGGTTATAGTCACCTGTATGGCGGCGTTCCTGGTGGGCAGGCGGAATATGTCCGCGTCCCTAAAGGGAATGTGGGGCCGTTTAAAGTACCGCCTTTGCTTAGTGATGATAAAGCGCTTTTCCTTTCTGATATTCTGCCAACGGCATGGCAGGCAGCAAAAAATGCGCAGATCCAACAAGGTAGTAGCGTTGCAGTCTATGGTGCTGGTCCTGTGGGATTGTTGACAATCGCCTGTGCACGGTTGCTCGGTGCGGAACAGATTTTTGTTGTTGATCATCATCCCTACCGCTTGCATTTCGCCGCCGACCGCTACGGCGCGATCCCGATTAATTTTGATGAAGACAGCGATCCGGCACAGAGTATTATTGAACAAACGGCAGGTCACCGGGGCGTGGATGCAGTAATAGACGCCGTCGGTTTTGAAGCGAAAGGCAGCACCACGGAAACGGTGCTGACTAACCTG > CP042583/515936‑516497 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |