Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,761,923 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,761,923 | 0 | A | T | 100.0% | 782.4 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,761,924 | 0 | G | C | 100.0% | 774.2 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (148/176); total (148/176) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,761,925 | 0 | C | G | 99.7% | 774.0 / NA | 324 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (147/176); total (148/176) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.57e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 324 total aligned reads displayed.
CTTCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTAGCACCAATACCAGCGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGATGAGTACAACATTAAGCAGTGGCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGG > CP042583/1761650‑1762202 ||| tCAGCCCAGGATGATTCTTAAATCAGCTATTTCCGCTGACTCTCTGCTCGCTAAGGATGCTTTTAGGGCATCCTTTCATTTACACTTTTTACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAAt > 1:2246079/1‑280 (MQ=255) 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tttACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGAt < 1:1893114/289‑1 (MQ=255) tttACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGCTTGTCAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGAt < 1:1748914/289‑1 (MQ=255) tttACGAAATCATGGGATCACTAACAAAATATCGATTGTTAGTTATATTGTATGGCAGGAAAGATATGCGACTGATATTACAGATCCCCAAAGTGGAGAGTTTATGACCATTAAAAATAAGATGTTGCTGGGTGCGCTTTTGCTGGTTACCAGTGCCGCCTGGGCCGCACCAGCCACCGCGGGTTCGACCAATACCTCGGGAATTTCTAAGTATGAGTTAAGTAGTTTCATTGCTGACTTTAAGCATTTCAAACCAGGGGACACCGTACCAGAAATGTACCGTACCGAt < 1:1706531/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |