| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,762,872 | 2 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,762,871 | 1 | . | T | 97.4% | 529.1 / 9.4 | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/3); new base T (111/110); total (114/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,872 | 0 | C | G | 98.7% | 531.2 / 0.8 | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (113/111); minor base T (1/2); total (114/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.27e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,762,873 | 0 | T | A | 98.7% | 540.6 / ‑0.8 | 227 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (113/111); minor base G (1/2); total (114/113) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
Only 100 of 234 total aligned reads displayed.
ATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CT‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGAT‑GTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGTCG > CP042583/1762608‑1763160 |||| aataTCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGTGAAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTATGACAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCATGACTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGT‑CGATGATGA‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCa < 1:2167204/289‑1 (MQ=255) 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ATAATATCCCCTTGTTTACTATTTATTGTTGCTTTGTTACCTGTGGCTGGTAATTGACTAACGGGAATACTGTCTAAAGTAATTAATAAATCGTCCGGTTTGCAGGTTGTGGTTATCGGGTTGTAACTCAATGTCAGATTAAAGGAATAGACACCTGCATTTTGTGCCAATGCATTTCTGTAGCTATTTACACATGCATCCCAACTCTTGCCACCTAATAAACACAGTAGAAATTGTACTGCGGCACTCCCGCGTGTGCTACTA‑CT‑AGCACTGGATAATGTCGCAACACCATTAATCATCACACTACCGCCGCCCCCCGCAGAAACATTCACTTTTGCATTACTGGCCGCAGGTGTCACCGTAACACTATAACCACTGGTGAAACTGGTCTGATTATTACTCAACGTGAT‑GTTGTTTTTATTGGTCCATTCAAAATGTAAATTTAATTTTATGGTATCGTTATAAAGTCCAACAATAATATCGCTCGGGCTCATAGGGGTGATAGTATTTGTACTTACGCAACTGCTATCATTAAAATTATGCTCATATGTCG > CP042583/1762608‑1763160 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |