Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,764,311 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,764,311 | 0 | A | T | 99.2% | 608.4 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,764,312 | 0 | C | G | 99.6% | 602.0 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (142/111); minor base T (1/0); total (143/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,313 | 0 | T | A | 100.0% | 608.3 / NA | 254 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (143/111); total (143/111) |
Only 100 of 254 total aligned reads displayed.
GCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGAC > CP042583/1764033‑1764592 ||| gCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTTGAGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTCGAAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATCGATATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGAAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCt > 2:2088715/1‑287 (MQ=255) 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cTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGCGACTTAGTGGCATCGAc > 1:1849749/1‑289 (MQ=255) ||| GCAAACCCCTGATCATCAAACGTCGTACTGTTAGACATATATATTTGCCGACGAGGCGTGCTAACGTCATCACCCCAATCAAAGGGAATGCTTATAAAAATATTAAAACGTTTCTCTTCATGATGATTCTCGTCATAAGCCTGGCTTGCCGCGAGGGTATAGCTTATCCGTCGCAGGTTGTTGGAATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTA‑TAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGAC > CP042583/1764033‑1764592 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |