| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,764,494 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,764,494 | 0 | G | C | 99.2% | 609.5 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (127/131); total (127/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,495 | 0 | C | G | 99.2% | 597.9 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (126/132); minor base A (1/1); total (127/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,764,496 | 0 | T | A | 99.6% | 615.2 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/133); minor base C (0/1); total (127/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
AATAACTCAACTGATAATCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAAACTCACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATGGCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTA > CP042583/1764217‑1764768 ||| aaTCCTTACTACTGCCGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAAAGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTa > 1:354247/1‑289 (MQ=255) 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ccGCTACGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAACACCCGTCAACGTTTGGCTCACAAATTTTTTGTGGGCAGTTTGATaaa > 2:1904506/1‑288 (MQ=255) aCGCCCCCAGTAATCTCGCCATAACGTACTTAATGACACAGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTg > 1:1231245/1‑288 (MQ=255) gCCCACAGTAATCGCGCCATAACGTACTTCATGCAACAGACCCTCGACCTTCTTGAAATGACTGGTTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGTTAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGAAATGTCATAGCCATCGTTTTCATCACGGGGATAATTATCTTTATTGATTGCCCAAACGTTATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTAGGCAATTTGATAACTTTGccc < 2:184548/289‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |