Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,764,575 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,764,575 | 0 | G | C | 98.5% | 452.4 / NA | 199 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base C (86/109); total (88/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,576 | 0 | C | G | 99.5% | 454.5 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (87/110); total (87/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,764,577 | 0 | T | A | 99.0% | 453.7 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/1); new base A (86/108); total (87/111) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 199 total aligned reads displayed.
CACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTA‑GGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATG‑GCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTAAATCATATTTGCTCACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCACCGCTGCATAAGGCACCAGATAGGTGGTTACGCTGCCGTCCGCCTCT > CP042583/1764287‑1764854 ||| cacaGACCCCCAACCTTCTGGCAATGACTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATAATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGCGACGAATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTCGACGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTA‑GGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACCACTCCCCGTTGTCTTGTTTAC‑ATG‑Gc > 2:638743/1‑289 (MQ=255) 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ttGTCTTGTTTACTATG‑CGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTAAATCATATTTCGACACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCACCGCTGCATAAGGCACCAGATAGGTGGTTAccgagccg > 1:1371452/1‑281 (MQ=255) tGTCTTGTTTACTATG‑CGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCTCCGCTAAATCATATTTCGACACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCCCCGCTGCATAAGGCACCCTATAGGTGGTTAccgagccgg > 2:2034664/1‑280 (MQ=255) cTTGTTTACTATGCGCT‑TTAGGGGCATGAGCGGAAATGGAACCAATGCGTATATTCCAGCCAGCCGCCAAAGTAAACGCGTATTAATAATCCGCGACCATCGAGCAACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATACCCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTAAATCATATTTCGACACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCACCGCTGCATAAGGCACCAGATAGGTGGTTACCGAGCCGTCCGc < 2:1049285/289‑1 (MQ=255) gTTTACTATG‑CGACTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATCGAGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTAAATCATATTTCGACACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCACCGCTGCATAAGGCACCAGATAGGTGGTTACCGAGCCGTCCGcc > 1:918421/1‑287 (MQ=255) ||| CACAGACCCCCAACCTTCTGGCAAACTCTGGCTCATATTGGCGGAAAAGCTATTTTTGCGGCCAAAATCGTTCTGGTAATAATCGGCAATGTCATAGACATCGTTTTCATCACGGCGATAATTATCTTTATTGTTTGCCCAAACGTGATCGTTAAATGTCCGGTAATCACGGCTGCTATAACGCCAGGCCGCCAGACCAAAACGCGTGCTCGTTTGGCTCACAAATTTGTTGTA‑GGCAATTTGATAACTTTGCCCGTCAAACACATCGCCGTTGTCTTGTTTACTATG‑GCTCTTAGTGGCATCGACGGAAATGGCACCAATGCGTGTATTCCAGCCAGCCCCCAAAGTAAACGCGTAATAATTATTCGCGACCATGCTGCCACCATACAGCGTCAATAAATTATTAAAACCATACTGATAACCCGCCTGGACAAAATCACTTTGTTTGCTCGCCCCTTCAATATGGCTACGACCCGCCGCTAAATCATATTTGCTCACGCCGGGTTGCAGCATATTTGGCACCGCTGCATAAGGCACCAGATAGGTGGTTACGCTGCCGTCCGCCTCT > CP042583/1764287‑1764854 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |