| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,768,787 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,768,787 | 0 | G | C | 99.7% | 676.3 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (147/138); total (148/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,768,788 | 0 | C | G | 99.0% | 655.4 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (3/0); new base G (144/138); total (148/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.48e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,768,789 | 0 | T | A | 99.3% | 666.8 / NA | 286 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (146/137); minor base G (1/1); total (148/138) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768510‑1769068 ||| cATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCtt > 1:1182911/1‑288 (MQ=255) aTGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCttt > 1:909921/1‑288 (MQ=255) aTAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCgg > 1:318602/1‑289 (MQ=255) atgggCCATAGTGGTACCGTCCGGGGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGGAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATg < 2:1228966/285‑1 (MQ=255) tGCCATATGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATgcgc > 1:135411/1‑289 (MQ=255) tGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGCCGCTGATTTTCTGCGCCCAGCATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt < 1:987515/289‑1 (MQ=255) tGGGTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt < 2:1743713/289‑1 (MQ=255) ggggACTGTCCGGCGGAGGTGGACGCTGGTTTTCTGCGCCAAAAATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCGTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCAGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGtt < 2:1556769/288‑1 (MQ=255) gTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCgg > 2:42823/1‑289 (MQ=255) gTACCGTCCGGCGAAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCg > 1:1395127/1‑288 (MQ=255) 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tccggcgaaGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTAc > 1:13272/9‑289 (MQ=255) tccggcgaaGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTAc > 1:1500149/9‑289 (MQ=255) cggcgaaGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATTGATGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGACGATTTACCCAC‑GCCGCCTTTAACGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACAt > 1:477257/7‑289 (MQ=255) 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(MQ=255) cTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCTGACTCCtttttt > 1:1860216/1‑289 (MQ=255) cTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCtttttt > 1:1075488/1‑289 (MQ=255) cTATGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCtttttt > 1:580255/1‑289 (MQ=255) tGTTATGCGACAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGTGATTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGta < 2:771136/289‑1 (MQ=255) ||| TGGTTGCCAGGCCATGAGACATAATCGGTGCCATATGGGTACCGTCCGGGCTAGTTGGACGCTGATTTTCTGCGCCCAACATTGTTGGGATACTTGGGCCGTAGATATCGGCGTCCAGAATGCCGACTTTCGCCCCTTCTGCCGCCAGCGCCAGTGCCAGGTTTACCGCCGTGGAGCTTTTACCCAC‑GCCGCCTTTACCGGAACTCACCGCGATAATGTTCTTCACACCGTTAATTCCCGGCTGATTCTTCACGCGTTTCAGAGTGGCTATGTTATGGCTCAGTTTCCAGTCGATAGCTTTCGCCCCGGTGATGCGCAGCAGTTCGGCGCTACATTGCTCTTTTAACTCTTCGAACGCGCTATGCCAGACAAACGGCATAACCAGTTCCACATGCAACGTGTCGTCCATCCAGGCGACATGGTGCAACGCTTTCAGCGTGGTGAGGTTATGCTTCAGGGTTGGGTGCTGAAAATTGGCCAGTGTCCCGGCGACCATTGCGCGCAAGGCTTCTGGACTTTTGGCCTGGGATTGTTCGTTCATCCCGACTCCTTTTTTGTA > CP042583/1768510‑1769068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |