| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,779,103 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,779,103 | 0 | A | T | 100.0% | 314.7 / NA | 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,779,104 | 0 | G | C | 99.2% | 311.3 / NA | 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (52/79); minor base A (1/0); total (53/79) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,779,105 | 0 | T | A | 100.0% | 315.6 / NA | 132 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (53/79); total (53/79) | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
TATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAAAGTCCTGAAACTGTAATAGCAATTTTTAATCGTGAACTACAGAATATATTCAACCAAGAAATAGAATAATATACTCTAAATAATTCAAATTGGTCCGATCCGGCGCAACGTCCCAATGGCCTGGATTATAAATCTCATTATCTTAATTGCAACGGGGTCCAGCCGTGGTTATAATTCGTTCGTTGGAACACGATGTTGCACAGGCTGTGGTGTTAGGCCTGAAAATAGTAAATAAAAGAACCTGCCTCACCAGCAGGTTTTTTTATTTACT > CP042583/1778824‑1779373 ||| tATCAACACGACTTACCAGCGGGGAAAGCGATGATCGTGCAAAAAGAGCTGGTTGCTATTTACGATTATGAGGTCCCTGTACCTGAAGATCCGTTTTCCTTCAGACTTGAGATCCATAAATGCTCTGAATTATTTACAGGTTCCGTCTATCGACTGGAGCGATTCCGGCTACGTCCAACATTTCATCAACGTGATCGAGAAGATGCTGACCCGCTAATAAATGATGCGTTGATTTATATAAGAGATGAGTGTATTGATGAGCGGAAATTACGAGGTGAATCACCTGaa < 2:1927230/288‑1 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |