| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,785,529 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,785,529 | 0 | A | T | 100.0% | 567.5 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,785,530 | 0 | G | C | 99.6% | 564.3 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/109); total (127/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,785,531 | 0 | T | A | 99.6% | 567.1 / NA | 238 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (127/110); minor base C (0/1); total (127/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
GAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCA > CP042583/1785250‑1785809 ||| gAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAcca > 1:551775/1‑288 (MQ=255)gAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTAcca > 1:87288/1‑288 (MQ=255) agcgtcccGAAACCGCTTCAGCTGGTTTCGGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGAAAAGGTTGAGCCGGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTcagccagc < 2:1838000/284‑1 (MQ=255) cttcccGCAACCGGTTAAGAGGCGTTGTGCCGCTGTCGCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTTCGCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTATCATTACCAGCCTCAGCCAgcgc < 2:1351152/286‑1 (MQ=255) 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GAGCTGCTGTTAGCTACCCGCAACCGCTTAAGCAGCGTTGTGCCGCTGAGCCCTGATGCCTGGCAAATGTTGAGCGCGCCGTTACGCCAGCCGGGCATTGTGGCTTTGCGGGAATATTTACGCCAGCG‑TCCCCCCGCCTGCATACGGCCTCTTAATCAGGTCGATAACTTATTTATTCTGCCGGTCGCTGAGTGTATTAGCCTCGGTTGGGACAGCAGCCGCCAGACGCTGGATGCGCAGGTCATTAGCGGCGAAGGGGAAGATAATGTGCTGACGTTAAGTTTACCAGCCAGTGCCAGCGCACCTTATGCCGTTGAACGCATGGCGGCGCTTTTGCAACAAACAGACGACCCCGTGTGTCTGGTTTCTGGCTTTGTCAGTTTTGTTGAAGGGCAATTGACACTGGAACCACGGGTGATGATGACAAAAACCCGTGCCTGGGCGCTGGACGCAGAAACTACGCCTGTGGCACCGCTACCTTCTGCCAGCGTTTTGCCTGTGCCGTCTACTGCTCATCAGTTGCTGATACGCTGCCAGGCGTTACTTATTCAACTGCTCCA > CP042583/1785250‑1785809 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |