| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,788,293 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,788,293 | 0 | G | C | 99.7% | 738.4 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (162/150); total (163/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,788,294 | 0 | C | G | 99.7% | 736.8 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (163/149); minor base T (0/1); total (163/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,788,295 | 0 | T | A | 99.7% | 736.9 / NA | 313 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (162/149); minor base G (0/1); total (163/150) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 313 total aligned reads displayed.
CCGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGACTTGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGGCTCTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCGCTAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTAAGCGCATTAAACAAAAAATGGGGATTCACCTGGGCGTGAAGCAGTTTGATCTCACTCTGGGTGAGCATCGCTTTTTGCCGCTCATATTGCCCGGCAAGGATCTGCGCGCTAAGCAATTGCGCAATCCCCTCACCCAACGTGCGGTTGATACTACTGAATAAACGGTTTTTGGCTTCATA > CP042583/1788016‑1788571 ||| ccGGTTGATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCtt > 2:811372/1‑289 (MQ=255) gATACAAACCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCTCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATACAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGCTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGtt > 1:1890627/1‑289 (MQ=255) aCCGGCATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGGGGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCTAACGTAACACACCCCGCAGGCCGCTGTAAGtttttcggg > 2:108766/1‑285 (MQ=255) cATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa > 1:2128943/1‑289 (MQ=255) cATTGTCTTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGATCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGaaaaa > 1:676747/1‑289 (MQ=255) ttGTCCTCGATCTCCAGCATCAAATGTTGCCCCTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAg < 2:86459/289‑1 (MQ=255) ttacacacccAGCATCAAATGTTGCCCCCCACGTCGGGGGCTGATTGCCACCCGCCCGGTGTCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAAGTGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCTGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTGAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGaa < 2:373870/281‑1 (MQ=255) 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atcaactctctccccTCACGTCGGGCACTGATTGCCACGAGCCCTGTATCCAGCAGTTGGGATGTCCAATGTTTAATGGCGTGTTCCACTATCGGTTGAAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGAACTGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGGGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCa < 2:7075/278‑1 (MQ=255) ccccTCACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAACTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACGTCTCCAgctggcggc > 2:1430032/1‑284 (MQ=255) cACGTCGGGCGCTGATTGCCACTCGCCCTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTACGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCGGGCTGGCCTGTTc > 2:313245/1‑289 (MQ=255) 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ccTGTATCCAGCAGTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTaa < 1:1023897/289‑1 (MQ=255) agcagTTGTGATGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGa < 2:1878705/214‑1 (MQ=255) agttgtgatGTCCCATGTTTAATGGCGTTTTCCACTATCGGTTGCAGGGTAAACGCGGGCAATTGCTGCTGGGATAATTCTTGCGGAATAGCAATGTTGACCTGCAACCGCGACTGGAAGCGCGCCTTTTCAATTTGCAGATAAGCATTCACATGTTCAATTTCGTCGGCGAGAGTAACAAACTCCGAAGGCCGCTTTAAGTTTTTGCGGAAAAAAGTGGAAAGATACTGCACCAGCTGGCTGGCCTGTTCGCTGTCGCGGCGGATCACCGCTTTAATGGTGTTaa < 1:1043578/278‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |