Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,790,818 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,790,818 | 0 | A | T | 99.4% | 739.5 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.27e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,790,819 | 0 | C | G | 99.4% | 722.3 / NA | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/0); new base G (162/150); total (165/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,790,820 | 0 | T | A | 98.7% | 724.2 / ‑4.7 | 315 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (161/148); minor base G (2/2); total (165/150) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 315 total aligned reads displayed.
AATCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTACTGGCGATCGTCGCCGTACCAATGTTGATAATCACGCTAGTTCGCACGCCCGCCAGAATCACCGGAGCCGCCAGCGGTAGCTCGACCTTACGCACTCGCTGACCACGACTCATTCCCATACCTTTCGCAACTTCTGTCACGCTGGCATCAATCGCTCCCAGCCCGGCAAGTGTCGCCTGCAGGACGGGCAGCACACCGTAAAGGATCAAGGCGATAATCGCTGGTTGCAGACCAAAGCCGATCACCGGAACGGCGATCGCCAGCACTGCGACGGGCGGAA > CP042583/1790539‑1791098 ||| tCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGTCCCCTGTATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGAtcg > 1:1007566/1‑288 (MQ=255) tCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGAtcg > 1:2097477/1‑288 (MQ=255) tCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACATACGCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGGCGTACCCAGCGTGCTGGCCCCTACCGTTGAGGCGAtcg > 1:1393620/1‑288 (MQ=255) tCCTTTCGTTAACATAAGGAGTGCATTATGCGCATAGCTAAAATTGGGGTCATCGCCCTGTTCCTGTTTATGGCGTTAGGCGGAATTGGTGGCGTCATGCTCGCAGGTTATACCTTTATTTTGCGTGCTGGCTAAGCGCCTGCACCAGCCTTTCAAACAGGCGGTCTGCGATGATCGCCGCCAGTGCCACCAGTAACGCCCCCTGGATCACAAACCCGGTATTAAATCCGCTAAGCCCGATGATGATGGCAGTACCCAGCGTCACGGCCCCTACCGGTCCGGCGAtcg > 2:1376389/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |