| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,796,130 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,796,130 | 0 | G | C | 99.7% | 767.2 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (153/171); minor base T (1/0); total (155/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,796,131 | 0 | C | G | 99.7% | 762.4 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (154/171); total (155/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,796,132 | 0 | T | A | 99.1% | 759.4 / NA | 326 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/0); major base A (151/169); minor base G (1/2); total (155/171) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 326 total aligned reads displayed.
CGTTCAGTACATGGCGGGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTGCTGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGGCTGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACGCTGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTACTGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTCCCCAGCGCGGA > CP042583/1795847‑1796409 ||| aCATGGCGGGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTCGAGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAgcgc < 1:1855763/287‑1 (MQ=255) 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tagtaCTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGa < 2:1244249/288‑1 (MQ=255) taCTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGACTCa > 1:134641/1‑289 (MQ=255) gtcgCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCCGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CCTTAAACAGGCGCTGCGGCCTCaattcg > 2:1734584/1‑284 (MQ=255) 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ggctggcGTGCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACCGAGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTTGAGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTcc < 1:500635/288‑1 (MQ=255) gCCGTTCAGCGAGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACCGAGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGtttt > 2:1351457/1‑225 (MQ=255) ||| CGTTCAGTACATGGCGGGCAGCATCGTCCAGCTCTGCCATCGTCACTTTGCCGGATTTAATCAACCCAGGCAGATACTTGCTGTAGTACTCGTCGCTCATGCTCATGTTGATTCCGGATTTCAGCGCCACGCGCACCGCATCTTCCGGGTCTGCCGCCGTGCCATGTTTAATCAGCTCTTTGATTGCACCGTGATCGGAAACGGTGATGCCTTTAAAGCCCCACTGGTCGCGCAGAACATCTTTCAGCAGCCAGGAATCGGAGGTGGCTGGCGTGCCGTTCAGGCTGTTCAGCGCCACCATCACCGCGCCGCTGCCTGCGTCCAGCCCCGCTTTGTACGGCGGCATATAAT‑CATTAAACAGGCGCTGCGGACTCATATCGACGGTGTTGTACTCTTTACCGCCTTCTACCGCGCCGTATGCGGCAAAGTGTTTGACGCTGGTCATCACGCTGTAGCGATCTGCCGGGCTTTTACCCTGCATCGCTTCCACCATGGTTTTACCCATTGTACTGGTGAGATACGTATCTTCGCCAAAACCTTCGGAAGCACGTCCCCAGCGCGGA > CP042583/1795847‑1796409 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |