Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 521,611 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 521,611 | 0 | A | T | 99.6% | 599.5 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 521,612 | 0 | C | G | 100.0% | 595.9 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (113/137); total (113/137) | |||||||||||
* | CP042583 | 521,613 | 0 | T | A | 99.2% | 587.8 / NA | 250 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (112/135); minor base G (1/1); total (113/137) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
AGCTTGAGGTCGCGAGCCGGGGCGGCAATGCTCAACATGCCCTCCGGCCCGCTGGCGGAAACCAGTGCAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGCTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATACTTACCGCATGGTGGCTGGCGAGTTCAGGAAGCAGGTGCATGGCTTATTCCTTCACCTGATGCACAACATCGATCACGCTGCCATCGCGGTAACGCACAACGGCAACGACGCGGTCTGTGAATTCAATCGGCTGTGGTTCACCGGTCAGCAGACGCGCACGTTCGCGCAGCCACTCAATGGAAACCACTTTAATGCCCGCTTCCTGCAGACGTTCTGCCAGTTCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTG > CP042583/521336‑521890 ||| gccgagcgcggcaggcAATGCTCAACATGACCGCCGGCCCCCTGGCGGAAACCAGTGAAGCCTGCTCCTGAATTTGCCAGCCCTGTTTTGCGGTTAAGGCACGCAAGGCTGTCACGCCATGATTAAAAATTCGGCGTGTGACCTCGCTGTCTTTAATCGGCCCAGGCGCAACCACGGTAAAGGAGACCAGTGGAACAGGATGGCGCTTGAGCCAGACGTGTTGCCGTGCTTGCCTTTCATCCCGGCTGACGAGCAGCTCGGGAATTGATACCGCATGGTGGCTGGCGa < 2:1540747/275‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |