Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,802,981 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,802,981 | 0 | A | T | 99.1% | 496.6 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,802,982 | 0 | C | G | 99.1% | 491.4 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); major base G (112/96); minor base T (0/2); total (113/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,802,983 | 0 | T | A | 99.5% | 497.0 / NA | 212 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (111/99); total (113/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 212 total aligned reads displayed.
AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑GCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATA‑ATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGG > CP042583/1802705‑1803260 ||| aaaTGCCGCGTTTGCCGCATCAAGGGTCCTTAGCGATGC‑CTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCGGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAATGACTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACTGAAGAAGTAATc < 2:1742999/289‑1 (MQ=255) 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cTTCAACTGAAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATA‑ATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTCAGCCAAAAGTACCGt > 2:213652/1‑273 (MQ=255) ||| AAATGCCGCTTTTGCCGCATCAATGGTGCTTAG‑GCTACTCTCAACGTACCAGTGCGCCGCCTGCAAATCTGCCCGCCGGGCCAGTAAGGAGTACCCCAGTTCATCAGGAAGCTGGCTTGCCACTTTCGGCAACGCGACCGGTTTAAGCTTCAAACTCTTTGTCTGGTTATTTGTAAGTGCGCTTAACCGTGCCTCAATAATTTTCATTTTCCCCGCGACATCGTTGAGCTGCTGCCGGGTTTTGCTGGCATTAATATCGGTTTCCACACCTTCAACACTAGAAGTAATCCCGTTCTGATATAGCTGGCGATCGGTCGCGATA‑ATGGTGTTCTGCTCTTTTTCTATTTGCTGCAAGACCGTGTTTAACGCCGCCTGGGTTTGCCACTCCCAGTACAGGCGGGCTACGCTGCCAGCCAGCAATTGGCGGGTTTGCTCGCGTTCCGCCGCCCGTGCTTTAACCGTACCCAGGCGGGCAGTAACCTCCGCCCGATTCTTTCCCCAGATATCGAGATGCCAGCCCGCCGTTAAGCCAAAAGTACCGTTGGTGTACCACGGG > CP042583/1802705‑1803260 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |