Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 522,109 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 522,109 | 0 | G | C | 99.0% | 716.6 / ‑3.4 | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 522,110 | 0 | C | G | 100.0% | 718.0 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (177/126); total (177/126) | |||||||||||
* | CP042583 | 522,111 | 0 | T | A | 99.3% | 714.7 / NA | 303 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (177/123); minor base C (0/2); total (177/126) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.71e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 303 total aligned reads displayed.
TCCGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACGCTTGCGCCTTTGCTACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGGCTTTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGCGGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGTTACCGCCAGGCTTGCGCCGCCGGTGCCGGTTTGCATGGAGAAACCTTCTTTGAAGT > CP042583/521834‑522389 ||| cGGACGTGCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCtttcgaa < 1:856325/289‑5 (MQ=255) ttAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGt > 2:712957/1‑289 (MQ=255) aCTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGt > 1:835881/1‑286 (MQ=255) aTACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGAATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTg > 2:510919/1‑288 (MQ=255) 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gtgACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCACGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGa < 2:246970/289‑1 (MQ=255) tgACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGAt > 2:1250776/1‑289 (MQ=255) gACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGAtg > 1:2131235/1‑289 (MQ=255) 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cGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGtt > 1:988548/1‑289 (MQ=255) gACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCTGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTa < 1:493611/289‑1 (MQ=255) gACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTa < 1:134003/289‑1 (MQ=255) gACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTa < 1:932727/289‑1 (MQ=255) tGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACggg > 1:812422/1‑288 (MQ=255) tGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACggg > 1:72951/1‑288 (MQ=255) 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atgcacttATCCACCAGAGTCGGAATACGCCCCGGTACCAGAGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAAGCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGt < 2:1661348/283‑1 (MQ=255) tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCACCCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCa > 1:471835/1‑289 (MQ=255) tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGAt < 2:470638/246‑1 (MQ=255) tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCa > 1:2106328/1‑289 (MQ=255) tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCa > 1:591254/1‑289 (MQ=255) aCGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCa < 1:876094/288‑1 (MQ=255) caccaGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGc < 1:1741415/289‑1 (MQ=255) accaGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGc > 2:2149908/1‑288 (MQ=255) tCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTa < 1:540186/242‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |