Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,809,091 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,809,091 | 0 | A | T | 98.9% | 667.5 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/2); new base T (153/127); total (155/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,092 | 0 | G | C | 99.7% | 668.2 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (155/128); total (155/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,093 | 0 | T | A | 99.7% | 676.3 / NA | 284 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (155/128); minor base C (0/1); total (155/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.54e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 284 total aligned reads displayed.
CACATTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCAGTATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTG > CP042583/1808813‑1809372 ||| cacaTTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACtt > 2:1206863/1‑289 (MQ=255) aTTCCTAACCGCAGCTATTTGTGAATCTTTTCACAGTTTAAATTCCCCCGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCg < 1:1433401/289‑1 (MQ=255) ccccGCACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCt < 1:1561612/289‑1 (MQ=255) cACGCTTAGCCTTAATATCAGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTg < 1:2079625/289‑1 (MQ=255) 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aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAGTTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAgtgt > 1:550331/1‑288 (MQ=255) aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAAt > 2:1254841/1‑224 (MQ=255) aGTACATTATTATTTACTAAACGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAgtgt > 1:998226/1‑288 (MQ=255) 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aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGATTGTGCCCGACGGAGAAATTAtt > 2:654545/1‑287 (MQ=255) aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGga < 2:2101070/279‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCCTTAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGga > 1:2101070/1‑279 (MQ=255) 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ttAATTACCTATAGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGtt < 1:1745295/289‑1 (MQ=255) aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCaaa < 1:1942718/271‑1 (MQ=255) aGCATTAAGGAAGATCACATGCCGCAACAAAATTATCTGGATGAACTCACTCCGGCTTTTACGTCTTTACTGGCGATTAAAGAAGCCTCTCGCTGTTTATTATGTCACGACGCTCCCTGTAGTCAGGCTTGCCCGGCACAGACCGATCCGGGGAAATTTATTCGCTCAATCTACTTTCGTAATTTTAAAGGCGCTGCCGAGACAATTCGCGAAAATAATGCCCTCGGTGCCGTTTGTGCCAGAGTGTGCCCGACGGAGAAATTATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCg > 1:1073204/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |