Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,809,466 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,466 | 0 | A | T | 99.7% | 674.2 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,467 | 0 | G | C | 99.7% | 676.4 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (137/147); minor base A (1/0); total (138/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.84e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,468 | 0 | T | A | 99.0% | 673.8 / NA | 285 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (135/147); minor base C (3/0); total (138/147) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
ATGCCAAAGCGGTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCCATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGAC > CP042583/1809189‑1809744 ||| tGCAAAGGCGTTTGTACCCGTGCCGGTGTTGATGCTCCAATTGATATCGGCCGCTTACAGCGTTTTGTTACTGATTTTGAACAACAAACCGGAATGGAAATTTATCAGCCCGGTACTAAAACGCTCGGCAAAGTCGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATg < 1:2077755/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |