| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 522,121 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 522,121 | 0 | G | C | 99.7% | 728.1 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (179/128); total (179/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.19e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 522,122 | 0 | C | G | 100.0% | 726.5 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (179/129); total (179/129) | |||||||||||
| * | CP042583 | 522,123 | 0 | T | A | 98.7% | 725.8 / NA | 308 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (176/127); minor base C (3/1); total (179/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.43e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
GCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACGCTTGCGCCTTTGCTACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGGCTTTGCGCAGCATGGCTGTCAAAGCTCTGCACATCCAGCAGTTTGCGGATCAGACCTTTTTCGTGCAGGTCAACCATCGTCGCGGTAATACCGCCAAGGGCGAAGTCGGCGCGAATATCGCGGCTACGCATTTTGTCTTCCAGGAAACGGGTTACCGCCAGGCTTGCGCCGCCGGTGCCGGTTTGCATGGAGAAACCTTCTTTGAAGTAGCCAGAGTTGA > CP042583/521843‑522401 ||| gCCGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCCTTCGAACCCCAGt > 2:121578/1‑289 (MQ=255) ccGGGTTAACTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGt < 1:1461646/288‑1 (MQ=255) cTGCGATACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTg > 1:656279/1‑289 (MQ=255) aTACCGTGGTCTGTGACCAGAATATCGACACTGGAGCCTGGGGTGATGCAGGTCAGTACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGAATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTg > 2:510919/1‑288 (MQ=255) 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tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCACCCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCGCAGCATGGCTGTCa > 1:471835/1‑289 (MQ=255) tACGTTATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTCGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAGCGATTGCTCACCATGGGCGTCa > 2:1981520/1‑289 (MQ=255) tATCCACCAGAGTCGGAATACGACCGCGTACCAGCGGCGCGACGATGATGGAAAGCGCAGAGGCAATCGCGGTATCGCAGTGACCACCGGAAGCACCACGCAGTACGCCGTCAGAGCCGGTCAGCACGTTAACGTTGAACTGGGTGTCAATTTCCAGCGCGCTCAGTACCACCACGTCGAGACGATCAACCGATGCGCCTTTCGAACCCCAGTTAGCGTACTGGTTGGCGCTGATTTCGATGTGATTGGGGTTACGGGCCAgcgattgcg > 2:805346/1‑262 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |