Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,809,601 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,809,602 | 0 | G | C | 99.6% | 611.6 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (145/111); minor base A (0/1); total (145/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,809,603 | 0 | T | A | 99.6% | 617.5 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (145/111); minor base G (0/1); total (145/112) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
CGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTAGCATCATCGATGGATTCAC > CP042583/1809324‑1809881 ||| cgcgATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAATCAGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTATCAAGCGGTTc < 2:738793/288‑1 (MQ=255) 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cGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCATCGATGGATTc < 1:460670/289‑1 (MQ=255) cGTGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCGCGGGTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGGGTTAGATGAGGTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCATCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCTGCGAGGGATTc > 1:664124/1‑289 (MQ=255) tGGGGTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATgg > 1:2149178/1‑150 (MQ=255) ggggTTATCAAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTTCGATCATCGATGGATTCAc > 1:1110272/1‑288 (MQ=255) ||| CGCGATTATTGGCGCAGGTCCTGCCGGATTGCAGGCCAGTGTGACACTGACAAACCAGGGTTATGACGTCACGATTTATGAGAAAGAAGCGCACCCCGGTGGCTGGTTGCGTAACGGTATTCCGCAATTCCGGTTACCGCAAAGTGTGCTGGATGCAGAGATCGCCCGTATTGAAAAAATGGGCGTGACCATTAAGTGCAACAACGAAGTCGGTAACACACTCACCCTTGAGCAGCTGAAAGCAGAAAACCGCGCGGTACTGGTCACCGTGGGGTTAAGTAGCGGTTCCGGGCTACCGCTGTTTGAGCATAGTGACGTTGAGATTGCCGTCGACTTCTTGCAACGTGCACGACAGGCGCAAGGCGATATCAGCATTCCACAAAGCGCATTAATTATCGGCGGCGGTGATGTCGCGATGGACGTAGCCAGCACGCTGAAAGTTCTCGGCTGTCAGGCGGTAACTTGCGTAGCGCGTGAAGAGTTAGATGAGTTTCCGGCAAGCGAAAAAGAGTTTACCAGCGCCCGGGAGCTGGGCGTTAGCATCATCGATGGATTCAC > CP042583/1809324‑1809881 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |