Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,812,547 | 6 bp→CGATGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,812,547 | 0 | G | C | 98.7% | 522.4 / ‑5.6 | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/0); new base C (103/117); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,548 | 0 | C | G | 98.2% | 511.7 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (102/117); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,549 | 0 | T | A | 98.7% | 517.6 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (3/0); new base A (103/117); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.06e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,550 | 0 | A | T | 98.6% | 520.7 / ‑3.7 | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (102/116); minor base G (2/1); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,551 | 0 | C | G | 99.6% | 519.8 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (105/117); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,812,552 | 0 | T | A | 99.6% | 528.8 / NA | 224 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (104/116); total (107/117) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 224 total aligned reads displayed.
GCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CGCTACT‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTC‑ATGACCAGAATACGGTCTGTT > CP042583/1812277‑1812817 |||||| cGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACtt > 1:44726/1‑289 (MQ=255) 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aCCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAac < 1:1290700/288‑1 (MQ=255) cAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTTGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAacga > 2:1952066/1‑288 (MQ=255) gACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATAcc > 2:380078/1‑288 (MQ=255) 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ataataataCGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc > 1:567007/1‑119 (MQ=255) ataataataCGCA‑CCGATGA‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGcc < 2:567007/119‑1 (MQ=255) |||||| GCCGAGCGTGGTAATGAACGGCGTCACGTTGAGATAAGCGATAATCAGACCGTTGATCAAACCGATCACCGCACCAATGGCACAGACAATCAGAATAACCAGCGCAATCGGCATCGTCGCCATTTCCGGGAACACTTTGTTGGCGTTATCCATGGACTGCAATAATGTCGCAGCCACCACTGCCGCCAGCCCTACCTGACGACCAGCAGAAAGATCGGTCCCCTGGGTGACAATTAACCCTGCCACACCGAGCGCGATAATAATACGCA‑CGCTACT‑CTGGGTGAGAATATTACTTAAGTTCAACAGACTTAAAAATGTTGGGTCCTGGAAAATAATAATCGCCAGCAAAACTAAAAGAACGACGTAAATACCGCCCTCTTTCAGGTAAGTAAGAAAACTTTTCTTATTTAACGCACTCATGGGAAGCCCCTAATCTTAAAGGTGCAAAGACGCAAGACGCAGAATTTCGTTTTGCGTTGTTGTTTTTGTATCGACAATTCCGGAAACGAGACCATTGCTC‑ATGACCAGAATACGGTCTGTT > CP042583/1812277‑1812817 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |