Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,816,759 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,816,759 | 0 | A | T | 99.6% | 666.5 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,816,760 | 0 | C | G | 99.3% | 659.5 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (159/119); minor base A (0/2); total (159/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.86e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,816,761 | 0 | T | A | 99.6% | 670.8 / NA | 281 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/122); minor base C (1/0); total (159/122) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CCAGCTCACTCACGGCTTTCATTACTGCTTCACGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTACTTGTTTTAGATATTGCCGGTCCGGCAGCACGCAAAGTTAACTGACGCCAGAGCCATTCCACCGGCCCCTGGCGGAAGTAACGCAGCCAGATAACAGAGAAGAGGATATTCGCCAGCCATACCGGAATAACAAACGCCAGCAGCTCCAGGCGGTCAAAATGCATAAACAAACCGAGGTGGTAAAAAAGCGTGGTACAAATCAGCGTTTGCAATAGATAGTTGGTCAGCGCCATCCGTCCGACGCAGGCGATCGCAAGCACCAGCTTAAAGCGGCTCAATT > CP042583/1816482‑1817039 ||| cAGCTCACTCACGGCTTTCATTACTGCTTCACGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCACTGGAAACCGATACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGat > 1:628354/1‑289 (MQ=255) cactcacGGCTTTCATTACTGCTTCACGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGTTTTGTTAACGAATGTGATCCAGATCGTTATCTTGATGTTTTAGATATTg > 2:1056360/1‑288 (MQ=255) tCATTACTGCTTCACGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCACGAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTAAATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGAATACAGGACTTCGTGAATCGAGTCACAGCAATGGAAACGGTTACAGCCGGTTTGTTAACGAATGGGATCAAGGTCGTTATCTTGATGTTTTAGATTTTGACGGCTCGgcaa > 2:114659/1‑287 (MQ=255) cTTCACGCGTGTCGGCACTGACCAGCGTGCTGTTATTGAGCACCCGGGAAACCGTTGCCACAGAGACGCCAGCCTGACGCGCTACATCCCAAATGGTGATCATATTCACTACCTGTTATGAGATTGCAGTACATGACTGCTTGCTGGCGGCTATTTTGTCAGCACTGACTACAGGACTTCGTGAATCGAGCCACAGCAATGGAAACGGTTACAGTCGTTTTGTTAACGAATGTGATCAAGATCGTTATCTAGACGTTTTAGATATTGCCGGTCGGGCAGCACGCaaa > 2:1527472/1‑287 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |