Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,819,348 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,819,348 | 0 | A | T | 99.4% | 807.7 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.99e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,819,349 | 0 | G | C | 99.7% | 807.7 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (167/173); minor base A (0/1); total (167/174) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,819,350 | 0 | C | G | 100.0% | 813.9 / NA | 341 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (167/174); total (167/174) |
Only 100 of 341 total aligned reads displayed.
GGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGAGCCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACAGTATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTAGCGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGCGTTTAGCAGCTATTTAGGTGAGGACAAAAATGCATGGCTGGAATGGGACAGTTGCGCACTGATGTATGCCAGTAACGCGCAGGATGCGATCCCGACGCTTATCGATCAGGGCGATAATGATCAGTTTCTTGCCGACCAGTTGCAACCTGCGGTACTGGCAGAAGCCGCGCGCCAGAAAGCGTGGCCGATGACGCTGCGTATTCAGCCGGGATATGATCACAGTTACTA > CP042583/1819068‑1819628 ||| ttGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTTCGGCCTTTGCGcc < 2:1422345/289‑1 (MQ=255) ttGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTTCGGCCTTTGCGcc < 1:2116157/289‑1 (MQ=255) ttGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTTCGGCCTTTGCGcc < 1:155299/289‑1 (MQ=255) tGTACTGGTGATGCCAGACCCCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGTCGCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACTCAATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTTCGGCCTTTGCGcc < 2:283788/288‑1 (MQ=255) 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GGGGATTGTACTGGTGATGCCAGACACCAGCCCGCGCGGCGAAAAGGTTGCCAACGACGATGGCTACGATTTAGGCCAGGGCGCAGGCTTTTATCTTAATGCCACGCAACCGCCGTGGGCGACGCATTACCGGATGTATGATTATCTGCGCGATGAATTACCGGCGCTGGTTCAGAGCCAATTTAATGTCAGCGACCGCTGCGCCATTAGCGGTCACAGTATGGGTGGTCACGGTGCGCTGATTATGGCGCTGAAAAATCCGGGTAAATACACCAGC‑GTTAGCGCCTTTGCGCCAATTGTGAATCCGTGCAGCGTCCCGTGGGGAATCAAAGCGTTTAGCAGCTATTTAGGTGAGGACAAAAATGCATGGCTGGAATGGGACAGTTGCGCACTGATGTATGCCAGTAACGCGCAGGATGCGATCCCGACGCTTATCGATCAGGGCGATAATGATCAGTTTCTTGCCGACCAGTTGCAACCTGCGGTACTGGCAGAAGCCGCGCGCCAGAAAGCGTGGCCGATGACGCTGCGTATTCAGCCGGGATATGATCACAGTTACTA > CP042583/1819068‑1819628 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |