Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,825,494 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,825,494 | 0 | A | T | 99.3% | 649.2 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (131/144); minor base G (0/2); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,825,495 | 0 | G | C | 99.6% | 655.5 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (131/146); minor base A (1/0); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,825,496 | 0 | C | G | 99.6% | 653.1 / NA | 278 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (131/146); minor base T (1/0); total (132/146) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.75e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
CCGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACAGCTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCCTGCTGGCAATGGCGATGGCGGCGCTGGGTCTGACCACTCACGTCAGCGCGCTGAAAAAAGCTGGGGCGAAACCTCTGCTGATGGCACTGGTACTGTTTGCCTGGCTGATTGTTGGTGGTGGTGCGATTAACTATGTGATTCAAAGCGTCATCGCATAAACCACTACATCTTGCTCCTGTTAACCCGCTATCATTACCGTTTTCCTCCAGCGGGTTTAACAGG > CP042583/1825215‑1825773 ||| ccGCTGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAACTGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCAcc < 1:920030/289‑1 (MQ=255) tGATGTCTCAATGGTTTAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGtt > 2:1217742/1‑289 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCAcc > 1:1745813/1‑271 (MQ=255) tttAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCCGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACCCGTTCCACCTTTTACTGCAGACCgtgg > 2:2258180/1‑289 (MQ=255) tAGTCCGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtggtg > 1:1458625/1‑289 (MQ=255) cGGAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCGGGGGCGAAGAGCGGCGGGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGATTGCCATCCTGTTTATCGTAGGTGCCATCTTTAACTAGTTCCACCTGTTACCGCAGAGTGTCGTGTACAt > 2:1265170/1‑289 (MQ=255) gAAACTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCaga > 2:640070/1‑274 (MQ=255) aaaCTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGTAGACGGTGGTGAACAt > 2:854322/1‑286 (MQ=255) cTTTCGGTATCTACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGCGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGt < 1:1563363/289‑1 (MQ=255) tatACATTTGTTCTAATGGTCACGAAGTGGCGCAGGTGTTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGAGGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGa < 2:289525/287‑1 (MQ=255) tACATTGGTTCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGc > 1:989218/1‑256 (MQ=255) ttCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGt < 1:1052121/242‑1 (MQ=255) ttCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGt > 2:1052121/1‑242 (MQ=255) ttCTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGATATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATATCTAACTCGTTCCACCTGCTACCGCAGAGCGCGGCGACCATGCTGGTAACGCCGGATACCTTCct > 1:400682/1‑288 (MQ=255) cTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAACAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTTAACATGCTGGTAACGACGGATACCTTCct > 2:1670531/1‑286 (MQ=255) cTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCCCCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGATGGATACCTTCct > 1:1005419/1‑286 (MQ=255) cTACTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCAGGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctgct < 1:613429/289‑1 (MQ=255) aCTGTGCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACAGCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCCTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCGTGGTGAACATGCTGGTAACGCTGGATACCTTCctgctg > 1:1175181/1‑288 (MQ=255) tgCACGAAGTGGCGCAGGTGGTGGCGGCAGGTCATGCCATCAGCCCGGATGCGGAAAACGCAGCAGTTATTT‑CCAAAATGCTGCGCGTGATGATGCTGGCTCCGTTCCTCATCCTGCTGGCGGCGCGTGTTAAACACCTGTCTGGGGCGAACAGCGGCGAGAAAAGCAAAATCACTATTCCGTGGTTTGCCATCTTGTTCATCGTAGTTGCCATCTTTAACTCGTTCCACCTGTTACCGCAGAGCgtg > 1:143552/1‑248 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |