Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,833,328 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,833,328 | 0 | G | C | 99.6% | 605.3 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (115/141); total (115/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,329 | 0 | C | G | 99.6% | 603.2 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base G (114/142); total (115/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.47e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,833,330 | 0 | T | A | 99.2% | 602.7 / NA | 257 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); new base A (115/140); total (115/142) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 257 total aligned reads displayed.
TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACC > CP042583/1833051‑1833608 ||| tCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 2:482603/1‑289 (MQ=255) tCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGtt > 1:1529099/1‑289 (MQ=255) cGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGc < 1:886512/289‑1 (MQ=255) gACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCa > 1:2045072/1‑289 (MQ=255) 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aaTTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAAtcga < 1:1658914/286‑4 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATc < 2:596813/289‑1 (MQ=255) tCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGACATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATc < 2:1279020/289‑1 (MQ=255) cAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCg > 2:944382/1‑289 (MQ=255) aTTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCggg < 1:482603/289‑1 (MQ=255) cttcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTa < 1:1775956/289‑1 (MQ=255) tcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTAtt < 2:1555671/289‑1 (MQ=255) tcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTAtt < 1:1698319/289‑1 (MQ=255) tcttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTAtt < 1:775085/289‑1 (MQ=255) cttTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTg < 1:2168006/289‑1 (MQ=255) ttGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgt < 2:2253325/289‑1 (MQ=255) ttGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTCGATTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAACGATATAACGTTGGCAATCGATAAATCGGGGTTATTGgt < 1:1362061/289‑1 (MQ=255) 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TCACGACCCAGTAATTCAATTTCTTCTTTGCTTAACCCCACTTTCATCACGCCGCCAATAATGGCGATCGTGGCAGGTACAGCGCCCTGTTTACGAATAGTTTCTTCAACTTCAATTGCGGTCTGGGCATTTTGTGGGAACGGCATCCCGTGAGAAATAATGGTGCTTTCCAGCGCCACAACCGGTTTTTTGTTTTTTAAAGCGTCCTGCACTTCCGGGGAAATTTGTAATAATTCAGGGGAAATTTTTAATTCAGACATTCTGCGTTCTCCACTAAGCTTATAACGTTGGCAATGCTTAAATCGGGGTTATTGGTGTATTCACAGGAGAGCGCCATACTGCTACATCCCTGTGCGAAACGAACAGATTCGGCAAACGGCATTCCGTCTACCCAACAGCTAGCAAGTCCCGCCATCATGGCATCGCCCGCTCCGGTAACATTAATAACATTGGTTTTGATCGGCGCAGACCAGCCACTTTCACCGCTGATATCGCTGTAATAAACGCCGTCGCCGCCCATGCTCAATACCAGTCGGTTCAGGCCATGTTGATGGAACC > CP042583/1833051‑1833608 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 28 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |