| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,833,955 | 3 bp→CGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | CP042583 | 1,833,955 | 0 | G | C | 100.0% | 724.1 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,833,956 | 0 | C | G | 99.7% | 716.9 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (177/128); total (178/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,833,957 | 0 | T | A | 100.0% | 734.7 / NA | 307 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (178/129); total (178/129) | |||||||||||
Only 100 of 307 total aligned reads displayed.
CGGTTTGGCTTGAGAGTGTGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCGCTAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCG > CP042583/1833677‑1834236 ||| gtgtGGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAAt < 1:2037304/287‑1 (MQ=255) gtgGATCTGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAg > 1:349164/1‑288 (MQ=255) tGATTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGGAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCAAAAATAGGCACTTaa > 2:1038604/1‑288 (MQ=255) aTTTAGACGGTCGCGCACTTTGACACATTTCCATGCCGAAACCGGATCGACAAATACGGGTACGTTGGCGGCATTATCCAGAATCCATGCCAGTGCCTCTTCACTGATATTACAGTCCGCGACAATGACCTTTGCCCTCTGAATAAATTCACCGTGCTGTGCGAGATATTCAGCTGTACTAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCAACGTATTTTCTCACAGCCCATTCCGGCCttacacc > 2:875073/1‑284 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |