Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,834,150 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,834,150 | 0 | A | T | 100.0% | 739.3 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,834,151 | 0 | C | G | 99.7% | 731.3 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (139/165); minor base T (1/0); total (140/165) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,834,152 | 0 | T | A | 100.0% | 739.3 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (140/165); total (140/165) |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGGTTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGC > CP042583/1833872‑1834427 ||| tCAGCTGTAATAGCGTTGCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTATCCAGCAACGCCAGGTTTGGTGCAATATTCCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCAt > 2:1502026/1‑289 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |