Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,834,168 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,834,168 | 0 | A | T | 100.0% | 650.2 / NA | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,834,169 | 0 | C | G | 99.6% | 644.5 / ‑6.0 | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (116/152); minor base A (0/1); total (116/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,834,170 | 0 | T | A | 99.6% | 652.7 / ‑4.8 | 269 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (116/152); minor base G (0/1); total (116/153) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.79e-01 |
Only 100 of 269 total aligned reads displayed.
GCTAATATTCATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAAACTTAAATAACTGCTCGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGGCTTTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGG‑TTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTACTATCCGCATAATTTAAACTTTCATGACTATATCCGGCGACATCAATATTCGCGCTACCTATAATTACGACATAATCCTTTTCGCGCATAGCACGTCCTCTGGTAAAAAATTACCAACCCTGTCAATCCACAAGAATATAGATACTGCAAAGACGGTTTAAACATGTGTTCATATTTAAACATGTGCTCATAGTATGCATGTTTTACGTAAAGTAAATTACCGCCAGAGAGGCAAAATGGGCAGATTTGAGCAGGCTCACAAAATGCGATTAAATGCCTGAATTACAAAAGCGA > CP042583/1833889‑1834444 ||| cATGTCATTTATAGCAACCAGCATTTCACCGGTATTATCGAGTAATGATAAATAACTCGACGTATTTTCTCCCGGCACAATCAGGCATTTATCGACATAAACGCCAGATTGATTGGTTTGCGTTAGCAGCGATTGACCATAAAAATCACTGCCTACGGCGCTCAGTAGCCAGGCTTTGTTACCCAGCAACGCCAGG‑TTTTGTGCAATATTGCGCCCTACTCCACCAGGCGTAAATTTTATTTTACCTGGATTTGAATCCGCATAATTTAATGATTCATGTGAATATCCg < 1:1675605/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |