| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,839,496 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,839,496 | 0 | A | T | 99.0% | 460.7 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (104/90); minor base C (2/0); total (107/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,839,497 | 0 | G | C | 99.0% | 450.6 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (105/91); total (107/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,839,498 | 0 | C | G | 99.5% | 463.9 / NA | 198 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (107/90); minor base T (0/1); total (107/91) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.60e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
CGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCAGCAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTT‑CCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGA‑CGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATAGTCCTGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTGGGCG > CP042583/1839220‑1839775 ||| gTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTTCACTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGTCGATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTTCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTTATGTGGGGCCCGGACAGCCTGTACCtcatca > 2:1191950/1‑289 (MQ=255) 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aTGTGGGGCTCGAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTT‑CCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGA‑CGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATTCACCTGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTGggcg > 1:1751200/1‑289 (MQ=255) ||| CGTGAGGCGGTGATGTTCAGCTCTTTTTTACGCGCTCAGGTTAGTCTGGCATGGGTCATTGGCCCACCGCTGGCTTATGCCTTAGCGATGGGTTTCAGCTTTACGGTAATGTATCTGAGCGCAGCGGTAGCGTTTATTGTTTGCGGTGTGATGGTGTGGCTGTTTTTACCGAGCATGCGAAAAGAGCTTCCGCTGGCGACCGGCACGATCGAAGCGCCGCGCCGTAACCGTCGCGATACGCTGCTGCTGTTTGTCATTTGTACATTGATGTGGGGCAGCAACAGCCTGTACATCATCAACATGCCGCTATTTATTATCAACGAACTGCATCTT‑CCCGAGAAACTGGCCGGTGTGATGATGGGGACCGCCGCCGGGCTGGAAATCCCGA‑CGATGTTGATTGCCGGATATTTCGCCAAACGTCTGGGTAAGCGTTTCTTAATGCGCGTTGCTGCCGTGGGTGGCGTCTGTTTTTACGCAGGAATGCTGATGGCGCATAGTCCTGTCATTCTGTTGGGCTTGCAGCTGCTAAATGCTATTTTTATTGGCATTCTGGGCG > CP042583/1839220‑1839775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |