Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,843,998 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,843,998 | 0 | A | T | 99.5% | 496.9 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,843,999 | 0 | G | C | 99.5% | 492.6 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (94/113); minor base A (0/1); total (94/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,844,000 | 0 | T | A | 99.5% | 496.8 / NA | 208 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (94/113); minor base C (0/1); total (94/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 208 total aligned reads displayed.
GCGCGCTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTAGTCTGCTGGCGATGGGTATGTTGATGCTGAGTTTCTGGCTGAAAGAAAACGCCCCTGGCAGACGACGTATCGTGATTATTGGTCTGGTCATGCTATTAACTGCAGTGGTATTAAACCAGCTGGGTCAGGCATTAATTCCTGTAAAACGGGCCAGCCCAACATTGACTTTTACCGATATTAACCGCGTCAGCGAACTGCTCTCTGTTCCCACGAAAGATGCCAGTCGAGATAGCTTTCCCGGCGATCACGGCATGATGCTGCTTATTTTTAGCGCATTCATG > CP042583/1843721‑1844279 ||| gcgcTGTTGAAGCTTCGTTTAGCGACTACCGCGTAAGGTTGCCTGCGTTTTTCAGTAAGATAATTAGAGAAAATATGATTAAAAATTTGCCGCAAATAGTGTTGTTGAATATTGTCGGCCTCGCGCTGTTTCTTTCCTGGTATATCCCCGTTAATCATGGATTCTGGTTGCCGATTGATGCGGATATTTTTTATTTCTTTAATCAGAAACTGGTCGAAAGTAAGGCCTTTTTGTGGCTGGTTGCATTGACCAACAATCGCGCCTTCGACGGTTGTTCACTGCTGGCGa < 2:347275/288‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |