| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 1,849,869 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 1,849,869 | 0 | A | T | 98.7% | 521.2 / NA | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.23e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,849,870 | 0 | G | C | 99.1% | 521.3 / ‑4.8 | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (95/127); minor base T (1/1); total (98/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,849,871 | 0 | T | A | 99.1% | 527.2 / ‑4.8 | 226 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (97/126); minor base G (1/1); total (98/128) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
TCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATAGCCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACAGTTTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTG‑AAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCA‑‑‑TGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCT > CP042583/1849589‑1850149 ||| tCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATTCGCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACTCATTCCtt > 2:93608/1‑289 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TCGCAAAGCTGTTTATAATGGGAGCCGCTTTGACGTCTGGAGTAGCGCATTTATCATCATCGGCTACGCCATTCCGGCCTTTTTGTTTGCCATCCTGCTGATTGTCTTCTTCGCGGGCGGCAGCTATTTCGACCTGTTCCCTCTACGCGGCCTGGTTTCCGCTAACTTTGATAGCCTGCCGTGGTATCAGAAAATCACCGATTATCTGTGGCATATCACGCTGCCGGTGCTGGCGACAGTGATTGGTGGCTTTGCGGCGCTGACCATGCTGACAAAAAACAGTTTCCTTGATGAAGTGCGCAAGCAATACGTGGTGACCGCGCGTGCGAAAGGGGTAAGTG‑AAAAAAATATTCTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCA‑‑‑TGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACCTTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCT > CP042583/1849589‑1850149 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |