| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | CP042583 | 527,451 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | CP042583 | 527,451 | 0 | A | T | 99.3% | 736.9 / ‑3.0 | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 527,452 | 0 | G | C | 99.4% | 730.3 / ‑3.2 | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (153/151); minor base A (1/1); total (154/152) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.30e-01 | |||||||||||
| * | CP042583 | 527,453 | 0 | T | A | 100.0% | 736.9 / NA | 306 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); new base A (154/152); total (154/152) | |||||||||||
Only 100 of 306 total aligned reads displayed.
ATAACGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTAGTATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGATGCATGCGGAATATATTCGTCACATTCCCGGATTCAGTCAGATATTACTGGCGGGAAATCTGGCGCAGGCCCGAATGATGATCGAGCGTTTTAAGCCGGGGCTAATCTTGCTCGATAACTATCTTCCTGACGGTAGAGGGATTAATTTACTGCATGAACTGGTGCAGGCGCATTATCCCGGCGACGTGGTGTTTACC > CP042583/527176‑527730 ||| aTAACGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTc > 2:1251741/1‑288 (MQ=255) tAACGCCTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCg < 2:8113/289‑1 (MQ=255) ccTTCGAAGCCAGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGt > 1:273899/1‑289 (MQ=255) ttCGAAGCCGGCCTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGTTCGTTGAATTATTCCTCATCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAAGAGTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGa < 1:117700/289‑1 (MQ=255) 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ccTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGAc > 2:438373/1‑289 (MQ=255) ccTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGAGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGACCCCTGCCGTACCTTA‑TTTTCAATCCATATTCTGAAAGTTAAACCTAATGAc > 2:229546/1‑289 (MQ=255) cTGCGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGa < 1:2004644/287‑1 (MQ=255) cGTAGCGATGAAGGAAACAAGATCGTTGAATTATTCCTCAGCGATGAAGGCGATGATGTGGTGATTGAAGTCGCCGATCAGGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGc < 1:1611799/288‑1 (MQ=255) ggagaagAAGGAAACAAGATCGTTTAATTCTTCGTCGGCGGTGAAGGCGGTGATGGGGGGATTGAAGTCGCCGGGAAGGGCTGCGGCGTGCCAGAGTATCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGAGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTcc < 2:1895597/282‑1 (MQ=255) caaagAAGGAAACAAGACCGTTGAATTAGTCCCAAGGGATGAAGGCGATGAGGTGGTGAGTTAAGTCGCCTATCAAGGCTGCGGCGTTCCAGAGTCTCTTCGAGACAAAATATATGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCAt < 2:749031/284‑1 (MQ=255) 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tGCGGCATTCCGGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGGGCAGGGGGTCAGTATGCGTGCTGACGAGCACGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTTGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCATTAACCCTATTGATCGTTGAGGACGAAACGCCGCTGGCAGAGATGCATGCGGAATATATTCGTCACATTCCCGGATtcag < 2:1681857/288‑1 (MQ=255) cggcgTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCt < 1:1585097/193‑1 (MQ=255) cggcgTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGc > 1:511654/1‑202 (MQ=255) cggcgTTCCAGAGTCTCTACGAGACAAAATATTTGAGCAGGGGGTCAGTACGCGTGCTGACGAGCCCGGTGAACATGGCATTGGGTTGTACTTGATTGCCAGCTACGTAACGCGCTGCGGTGGTGTTATCACTCTCGAAGATAATGATCCCTGCGGTACCTTA‑TTTTCAATCTATATTCCGAAAGTGAAACCTAATGACAGCTCCAt > 1:1006395/1‑207 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |