Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,850,219 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,850,219 | 0 | A | T | 99.1% | 518.5 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (127/91); minor base G (0/2); total (127/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,220 | 0 | G | C | 98.2% | 493.9 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); major base C (125/89); minor base T (1/3); total (127/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,850,221 | 0 | C | G | 98.6% | 510.0 / NA | 221 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base G (127/90); total (127/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.41e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 221 total aligned reads displayed.
CTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTG > CP042583/1849941‑1850499 ||| ctctGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAg < 1:920814/289‑1 (MQ=255) aaaCATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCg < 1:166244/288‑1 (MQ=255) aTGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAAt < 1:857746/289‑1 (MQ=255) tgctgGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGttt < 2:633990/288‑1 (MQ=255) ctgGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGGTCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCCACGCAGCCCGTTCAATCAGGCCCGTTGGGGGCGGTTTct > 2:1799672/1‑288 (MQ=255) ccGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGATGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATCTTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGTCGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCCGTTTCGTCATAACCg > 1:1697752/1‑288 (MQ=255) ttttCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACGCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTcgc < 2:1123702/288‑1 (MQ=255) gTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTCTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTggtcgt > 1:1519229/1‑285 (MQ=255) cATGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGAttt > 1:2126313/1‑289 (MQ=255) aTGTTTTTTACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGAtttt > 2:462839/1‑289 (MQ=255) tttttACCGGCTCGCTGCTGATTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTc > 1:11899/1‑289 (MQ=255) accggctcgctgctgAGTGAGGTGATGTTTTCACTCAACGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGGACC‑TTGTTTATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGCATATTGTCAGTTATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGTACCGTCATGTCGCGACTCAGCCCCTGCAATCCGTCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCTTCGCGTCTACTGGTCGGTATTGATTTTCTTCGCCtt > 2:1244672/10‑289 (MQ=255) aTTGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 2:434768/289‑1 (MQ=255) ttGAGGTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCATCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 2:399856/288‑1 (MQ=255) tggggTGATTTTTTCCCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTtgt < 2:91678/286‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTc < 2:379464/189‑1 (MQ=255) ggTGATGTTTTCACTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTc > 1:379464/1‑189 (MQ=255) ttttcactcAATGGTCTGGGCTTACTGGGTCACGAAGCGCCCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAAGGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGttt < 2:1431602/271‑1 (MQ=255) aTGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTTAACTTATCGCCacc > 1:1762671/1‑287 (MQ=255) 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aCTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGtt > 1:498736/1‑287 (MQ=255) aCTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGtt > 2:1776799/1‑287 (MQ=255) cTGGGCTACGAAGCGACCGTCTCGCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGTCGCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGTCGTTATGGATTTTCCTCGt < 1:2244639/235‑1 (MQ=255) 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CTCTGGAAACATGTGTTCCGCAACGCCATGCTGCTGGTGATTGCCGGTTTTCCGGCGACGTTTATCAGCATGTTTTTTACCGGCAGCCTGCTGATTGAGGTGATGTTTAGTCTCAATGGTCTGGGCTTACTGGGCTACGAAGCGACCGTCAGCCGCGATTATCCTGTAATGTTTGGTACC‑TTGTATATTTTCACCCTGATTGGCCTGCTGCTGAATATTGTCAGTGATATCAGCTATACGCTGGTTGATCCGCGTATTGATTTTGAGGGACGTTAATGAGCCGACTCAGCCCCGTCAATCAGGCCCGTTGGGCGCGTTTTCGTCATAACCGTCGCGGCTACTGGAGCTTATGGATTTTCCTCGTCTTGTTTGGTTTGAGTTTGTGTTCTGAACTTATCGCCAACGATAAACCGTTGCTGGTGCGTTATGACGGCAGTTGGTATTTCCCGTTATTGAAAAACTACAGCGAAAGCGATTTTGGCGGCCCGCTGGCAAGTCAGGCTGATTATCAGGACCCGTGGCTGAAACAACGGCTGGAAAATAACGGCTGGGTACTGTG > CP042583/1849941‑1850499 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |