Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,851,276 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,851,276 | 0 | A | T | 99.6% | 621.4 / ‑4.6 | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,277 | 0 | G | C | 99.6% | 610.6 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (127/131); total (128/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,851,278 | 0 | C | G | 99.6% | 617.0 / NA | 261 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base G (128/132); total (128/133) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTAGCATAACCACCCTGACCAGCCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTAGTCCGAGTCTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGAGCGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAACATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGAGCGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTG > CP042583/1851000‑1851551 ||| tCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGGAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTc > 1:1465905/1‑289 (MQ=255) tttACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCa > 1:743030/1‑289 (MQ=255) ttACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAg < 1:1940935/289‑1 (MQ=255) tACCGTTTATTTTATGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGc < 2:631164/289‑1 (MQ=255) 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tattttatGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACcgt > 1:2221079/1‑289 (MQ=255) atGTAGTTCGATAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCgtacgtac > 2:2206206/1‑289 (MQ=255) tgtagttcgaTAACCACCCTGACCTCGCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTTCACCGTCACTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGTCGGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAGCATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACa < 1:1980006/280‑1 (MQ=255) 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aaaaTTTGTCGGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTTCACTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGt < 2:2161577/283‑1 (MQ=255) ||| TCACCTTTTTACCGTTTATTTTATGTAGTAGCATAACCACCCTGACCAGCCTCGATTTCCTCGGCTTCGGTCTACCGCTCGGTAGTCCGAGTCTCGGTGAACTGCTGTTACAAGGGAAAAATAACCTTCAGGCCCCGTGGCTTGGGATCACCGCCTTCTTGAGCGTGGCGATATTATTGTCTTTGCTGATCTTTATTGGTGAAGCCGTCCGCGACGCATTTGATCCTAATAAGGCGGTGTAACATGACGCAAACTCTGTTAGCGATTGAAAATTTGAGCGTGGGTTTTCGCCATCAGCAAACCGTACGTACAGTAGTCAATGATGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTG > CP042583/1851000‑1851551 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |