| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | CP042583 | 1,851,600 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | CP042583 | 1,851,600 | 0 | A | T | 100.0% | 547.1 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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| * | CP042583 | 1,851,601 | 0 | G | C | 99.1% | 535.2 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/2); new base C (132/98); total (132/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | CP042583 | 1,851,602 | 0 | T | A | 98.7% | 544.6 / NA | 232 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (132/97); minor base C (0/3); total (132/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.87e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
TGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGAGCTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTAGTCTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGTATCCGCCAGGCGGCAAAACGGCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTAT > CP042583/1851323‑1851880 ||| tgtttcacTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCAc < 2:2070905/279‑1 (MQ=255)tgtttcacTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACcgc > 1:333994/8‑289 (MQ=255) ttcacTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCggg > 1:85776/5‑289 (MQ=255) ttcacTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGTCAGGTTCAGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCggg > 1:255322/5‑289 (MQ=255) 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gttcaggCCAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCATGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCAAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATcgcg < 2:1590550/283‑1 (MQ=255) ttcaggCAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGt < 1:668132/284‑1 (MQ=255) cAAAAGCGTTACCGCGCTGTCAATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAATCGCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGTCGTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTTCACTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGt < 1:2171766/286‑1 (MQ=255) 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TGTTAGTCTACAGATTGAGGCTGGCGAAACGCTGGCGCTGGTGGGTGAGAGTGGTAGTGGCAAAAGCGTTACCGCGCTGAGTATTTTACGCCTGCTCCCTTCCCCGCCGGTTGAATATCTCTCCGGCGATATTCGTTTTCATGGCGAAAGCCTGCTTCACGCCAGCGATCAAACGTTGCGCGGTGTACGCGGTAATAAGATCGCCATGATTTTTCAGGAACCGATGGTGAGCTTAAATCCATTGCATACCCTGGAAAAACAGCTTTATGAAGTGCTTAGTCTCCACCGCGGGATGCGTCGGGAAGCGGCTCGTGGCGAAATTCTTAACTGCCTTGATCGCGTTGGTATCCGCCAGGCGGCAAAACGGCTGACAGATTATCCGCATCAGCTCTCCGGCGGCGAACGGCAGCGGGTGATGATTGCGATGGCGCTGTTAACGCGACCGGAATTATTAATTGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTAT > CP042583/1851323‑1851880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |