Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,852,059 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,852,059 | 0 | A | T | 100.0% | 624.7 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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* | CP042583 | 1,852,060 | 0 | G | C | 100.0% | 624.4 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (152/110); total (152/110) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,852,061 | 0 | T | A | 99.6% | 625.0 / NA | 262 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (152/109); total (152/110) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
TGCCGATGAACCGACCACCGCACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCAAGTCCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGAGTGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCAGTACGTTGCTGGATGTTGAACAGCTTCAGGTTGCCTTCCCCATTCGCAAAGGGATTTTGAAGCGCATTGTGGATCATAATGTGGTGGTGAAAAACATCAGTTTTACGCTACGAGCGGGTGAAACACTGGGTTTAGTGGGCGAGTCCGGTTCCGGGAAAAGTACGACGGGACTGGCGCTGCTGCGACTGATTAATTCTCAGGGCAGCATCATCTTTGACGGTCAGCCACTGCAAAATTTAAATCGCCGCCAGCTGTTACCTATTCGTCATCGCATTCAGG > CP042583/1851779‑1852338 ||| ccGATGAACCGACCACCGGACTGGACGTCTCTGTCCAGGCGCAGATTTTACAGCTGTTGCGCGAACTGCAAGGCGAGCTGAATATGGGCATGCTGTTTATTACTCATAACCTCAGCATTGTCAGAAAACTGGCCCACCGCGTGGCGGTAATGCAAAACGGTCGCTGTGTCGAGCAAAATTACGCCGCTACGCTATTTGCATCACCCACTCATCCTTACACACAAAAGCTACTCAACAGTGAACCGTCAGGCGATCCAGTGCCGTTGCCAGAACCTGCCTCAACGTTGCt < 2:1131138/289‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |