Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,869,479 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,869,479 | 0 | A | T | 99.1% | 546.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,869,480 | 0 | C | G | 99.1% | 540.8 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (114/114); minor base T (2/0); total (116/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,869,481 | 0 | T | A | 99.1% | 534.6 / NA | 230 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (114/114); minor base C (2/0); total (116/114) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 230 total aligned reads displayed.
ACGGACGCCGCTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTAATGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCCCGGTGTTAAAGCCACCCCAGAAGACGATGCCGCC‑AACAAAACCGATCAACAGCAGCGTCCCCAGCGCCAGACGGCT‑GGGGGT‑ACGCCACCATTTCCACAGGCGCTTAATCAGACCAGGCTTACGGTCAGAATTTCCCATAATAACCTCTTATTTCCCGTAACCTTTACTTGGGGTAAAGGTATTCCCCACGATTGGCGCGGTATCGGCCTGCGGTACGTGACATTGCAGACAGAAATAACGACGCGGAGCCACTTCCGCGCCCACTTTGCCGTCGCTGTCCATAAAGTGAGTAGGACTGATACGCGGCGCGCCAGTGGTGCGATAGCTTTCGACACCGTGGCACTGCAAGCAGCGATTGGTATTGGTCGTTACCTGATAACCTTCAACGCTATGCGGGATCATTGGCGGCTGATTCACATAGTTCAGCGGCATCCGATCCTGCTCTT > CP042583/1869200‑1869759 ||| cTACGGTTGTTGTAGTGCACGGAATCCATGTATTCCTGATACACCGTGTTGCGCATTTCGTGGCAGCTACTGCAGAACTCTTCGGTATTGGCTTTTTCCATCCCGGTGTTAAAGCCACCCCAGAAGACGATGCCGCC‑AACAAAACCGATCAAACGCCGCGTCCCCAGCGCCAGCCGGCT‑GGGGGT‑ACGCCACCATTTCCACAGGCGCTTAATCAGACCAGGCTTCCGGTCATAAATTCCCATAATAACATCTTTTTTCCCGTAACCTTTTTCTGGGGTAAAGGTAtgc > 2:1428087/1‑286 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |