Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,885,287 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,885,287 | 0 | A | T | 99.3% | 710.3 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (161/135); minor base A (0/1); total (161/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.58e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,885,289 | 0 | T | A | 99.7% | 711.4 / NA | 297 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (160/136); total (161/136) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 297 total aligned reads displayed.
CGAAGGTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACAGTACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGAGCATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCAGTACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAAAGCACCGTCAGCGACATTGTTGATAGTCGTCGTGCAGAGATGTTGCAACAGGCCAACGCCCTCGATGAACGCGAAAGCTTTTCTAACATGCGCCGCCTGGCCTGGCAGAACGGTCATTACTTTACATTGCGTACTACCTTTAACCAGCCAGGACATCTGGCAACGGTCGTGGCTTTTGATCTGCCGATTAATGATTTGATCCCACCGGGTATGCCGCTGGACAGTTTCCGCCTTGAGCCAGACGCGACGGCAACGGGAAACAATGATAATGAGAAAGAAGGGACGGATAGCGTCAGTATCCACTTT > CP042583/1885007‑1885568 ||| ggTTTACAAGAGACGCGCCTGAAACAGGATGTCTACTATCTGGAGAAACCACGCCGCAAAACGGAAGCGTTAATCTTTGGCTCTCACGACAACTCAACGCTTGAGATGACTCAGCGGATGTCCACTTATCTGGATACATTGTGGGGCGCAGAAAATGTACC‑GTGGTCGATGTATTACCTGAATGGTCAGGATAACAGTCTGGTGCTGATCTCAACCCTACCCCTTAAAGATCTCACCTCCGGATTTAAAGAATCGACCGTCAGCGACATTGTTGATTCACGTCGTGCag > 1:1066125/1‑289 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |