Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,891,977 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | CP042583 | 1,891,977 | 0 | A | T | 99.7% | 675.5 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (137/148); minor base C (1/0); total (138/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,891,978 | 0 | G | C | 99.7% | 669.7 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base C (138/146); total (138/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,891,979 | 0 | C | G | 99.3% | 662.6 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base G (137/145); minor base A (1/1); total (138/149) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
CCCTGGTCGCGAAGTGATGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATAGTGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATAGTATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCAGCACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGCGTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCA > CP042583/1891697‑1892258 ||| tCGCGAAGTGATGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGCTGGACTATCGACTCTGGCACaa > 2:2094859/1‑289 (MQ=255) gAAGTGATGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAata > 1:328877/1‑289 (MQ=255) aaGTGATGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAatat > 1:1904153/1‑289 (MQ=255) tGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCAc < 1:2072995/289‑1 (MQ=255) tGCGTACAAATACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGAGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCAc < 1:234798/289‑1 (MQ=255) gagTACATATATCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGTCAGGTGGGAGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCAc < 2:1509416/286‑1 (MQ=255) gTACAAATACCCCTTTAGTTTAGTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCg < 1:1945699/289‑1 (MQ=255) aaaTACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGAtt > 1:1313230/1‑288 (MQ=255) aaTACCCCTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTAc < 2:2155724/289‑1 (MQ=255) ccccTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCAc < 1:1866900/277‑1 (MQ=255) cTTTAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCCCCGATGGCCTCTCGACTCTGGCCCAAAATATTCCCACTCGATTACCCCAAtg > 2:211608/1‑288 (MQ=255) ttAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGCCTCTGGCCCAAAATATTCCCACTCGATTACCACAAtct > 2:876751/1‑286 (MQ=255) ttAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTg > 1:552507/1‑288 (MQ=255) ttAGTTTATTCAGGCAGGCAGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTg > 2:1547776/1‑288 (MQ=255) gtttattcaggcaggcaGGTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCg < 2:1119848/280‑1 (MQ=255) caggcaggTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATggg < 1:1525855/288‑1 (MQ=255) caggcaggTGCGCGGCGATATGTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATggg < 1:1432031/288‑1 (MQ=255) caggcctggcggcgATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCaa > 1:262432/9‑289 (MQ=255) caggTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCaa < 2:1845712/288‑1 (MQ=255) caggTGCGCGGCGATATTTTGAATTCAAGGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCaa < 1:852772/288‑1 (MQ=255) agATATTTTGAAGTCAATGCTCCCCAGTGAGCGTAATGGTGAAAGCCTCGGCTAGATATGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCagag < 2:295832/287‑1 (MQ=255) atatTTTGAATTCAATGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTAATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCACAATCGATTACCACAATTGCCCGGAGAAATGGGGCAAAACAGTCAAAgtgg > 2:372749/1‑288 (MQ=255) gaattcaaTGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATTGGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAAc < 1:2094859/282‑1 (MQ=255) aattcaaTGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAAtcagt < 2:1256872/267‑1 (MQ=255) aattcaaTGCTCCCCATTGAGCGTAATGGTGAAATCCTCGGCTATATCTGGGCCAATGAATTAACCGAAGATATTCGCCGCCAGGCCTGGAAAATGGATGTGAGGATTATCATTGTGCTCACCGCTGGTTTGCTGATAAGCCTGCTGTTGATTGTCCTTTTCTCCCGTCGCCTGAGCGCCAATATTGATATCATCACCGATGGCCTCTCGACTCTGGCACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAAtcagt > 1:1256872/7‑273 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 23 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |