Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,896,483 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,896,483 | 0 | A | T | 99.3% | 707.5 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base T (138/159); minor base G (2/0); total (141/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.18e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,896,484 | 0 | G | C | 99.7% | 713.8 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (140/160); minor base A (1/0); total (141/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,896,485 | 0 | T | A | 98.0% | 709.4 / NA | 301 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (140/155); minor base C (1/5); total (141/160) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.20e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
ATGGCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTAGTGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGAAGTATGCCTCTGTTGGCTGCAACACCGGGCAACCCGGTTGAGCATATCGCCGGGCTGATCCCGGTGGGCGATACTCTGTTCAGTGGTTTTAACATTTTCATCACTGTGGCGTTGATTGTGGTGATGCCATTTATCACCCGCATGATGATGCCAAAACCGTCTGACGTGGTGAGTATCGATCCAAAACTACTCATGGAAGAGGCTGATTTTCAAAAGCAGCTACCGAAAGATGCCCCACCATCCGAGCGACTGGAAGAAAGCCGCATTCTGACGTTGATCATC > CP042583/1896204‑1896764 ||| gtggcgtgtttcatcGTTACCGGCCATGCCCTTGCCGGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTCGGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGGTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCct < 2:934578/278‑1 (MQ=255) ggCGCTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTg < 2:1338809/289‑1 (MQ=255) gcgcTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGt > 1:1980532/1‑289 (MQ=255) gtgtATCATCGTGCCGTGTCACGCCTGTGACGGCTCGGCGCCGGTGAAAAGTTTGATGCGAACTGCCTCCTCCGCCGCGAAGACGCACGTACAGGTCGTCTTGCTGGTCAGTTTGTTCGGGTCAGTAGCGTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTGTGGTTGTCGGCGCACAGTTTGCCCGTGAAGGCGCGCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGTTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGtt < 2:2039386/285‑1 (MQ=255) gcTTATCATCGTTGCCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGtt < 1:1270240/288‑1 (MQ=255) cTTATCATCGTTACCGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGTTgg < 1:1665087/289‑1 (MQ=255) tcccGGTCATGCCCTTGCCAGCTCTGCTCCGGTGAAAAGTTTGCTGCGTACTGCCGCCTCCGCCGCAAAGACGCCCGTACAGGGCGTCATGCTGGTCACTTTCTTCGGTTCAGTCGCTTGTGTCATCAACTGGGGATTTGGTTTGGTTGTCGGCGCAATGTTTGCCCGTGAAGTCGCCCGGCGAGTCCCCGGTTCTGATTATCCGTTGCTCATTGCCTGCGCCTACATTGGTTTTCTCACCTGGGGTGGCGGCTTCTCTGGATCAATGCCTCTGtt < 2:581430/274‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |