Predicted mutation | ||||||
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RA | CP042583 | 1,897,500 | 3 bp→TCA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,897,501 | 0 | G | C | 99.6% | 548.0 / ‑6.0 | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base C (111/121); minor base A (1/0); total (112/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,897,502 | 0 | T | A | 99.6% | 553.9 / NA | 233 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (111/121); minor base C (1/0); total (112/121) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.81e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
TGGGCGCTGCCAGCACTGGCAATCGCCGGACTCGGTGTCCGCGACATCATGGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTAGTCTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATAGTCAACACGTTGATGAAGTGATTATGGGTAACGTGTTACAAGCCGGGCTGGGGCAAAATCCGGCGCGTCAGGCACTGTTAAAAAGCGGGCTGGCAGAAACGGTGTGCGGATTCACGGTCAATAAAGTATGTGGTAGCGGTCTTAAAAGTGTGGCGCTTGCCGCCCAGGCCATTCAGGCAGGTCAGGCGCAGAGCATTGTGGCGGGGGGTATGGAAAATATGAGTTTAGCCCCCTACTTACTCGATGCAAAAGCACGCTCTGGTTATCGTCTTGGAGACGGA > CP042583/1897221‑1897781 ||| ttgtcgcTGCCAGCCCTGGCAATACCCGTGCTCGGTGTCCGCGACATCAGCGGCTACTGCATCACTGCCCTGCTCTTCTCCGGTGTCATTTTCGTCATTGGTTTAACGCTGTTCTGACGGCACCCCTACAAACAGAAGGAATATAAAATGAAAAATTGTGTCATCGTCAGTGCGGTACGTACTGCTATCGGTAGTTTTAACGGTTCACTCGCTTCCACCAGCGCCATCGACCTGGGGGCGACAGTAATTAAAGCCGCCATTGAACGTGCAAAAATCGATTCACAACACg < 2:1671908/285‑1 (MQ=255) 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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |