Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | CP042583 | 1,900,913 | 3 bp→TGA | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | CP042583 | 1,900,913 | 0 | A | T | 100.0% | 686.6 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (158/129); total (158/129) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,914 | 0 | C | G | 100.0% | 686.0 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base G (158/129); total (158/129) | |||||||||||
* | CP042583 | 1,900,915 | 0 | T | A | 99.7% | 678.6 / NA | 287 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base A (158/127); minor base G (0/1); total (158/129) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.48e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 |
Only 100 of 287 total aligned reads displayed.
TCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCCACTACTG‑C‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAA > CP042583/1900633‑1901189 ||| tCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACttt > 1:787151/1‑289 (MQ=255) gCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACg > 1:394872/1‑288 (MQ=255) cTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACg > 1:240082/1‑287 (MQ=255) ccACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgat < 1:1072458/289‑5 (MQ=255) cAGGTGCCTGCAGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACCCCTGCGCCAAAATGCAACCGCGGCGGCGAAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacg < 2:1407912/288‑9 (MQ=255) cAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacg > 1:1873113/1‑280 (MQ=255) tGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgac < 1:34591/286‑11 (MQ=255) gCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgacagc < 2:1474908/288‑14 (MQ=255) gCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgacagc < 1:408953/288‑14 (MQ=255) acacTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCa < 1:675465/263‑1 (MQ=255) aCGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCa > 2:675465/1‑266 (MQ=255) ccccccCACATCTCGGCCAATATGCAACCGCGCGGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAAGAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCa < 2:2095538/289‑1 (MQ=255) cccccACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTgggc > 1:1213203/1‑288 (MQ=255) cccccACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTgcgc > 1:2025321/1‑288 (MQ=255) cccccACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCa < 1:2068398/289‑1 (MQ=255) acacaTCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATc > 1:1678981/1‑274 (MQ=255) tCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCC‑CGATGA‑CGAAAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGGCCACCGCgcagc > 2:1088747/1‑288 (MQ=255) cTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagca > 2:1249016/1‑288 (MQ=255) cgcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAg > 1:547619/1‑289 (MQ=255) cgcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAg > 1:227692/1‑289 (MQ=255) cgcCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACGTTGGTCACGCCGGATGAC‑G‑ACAGCCGATACAGTTGATTGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCat > 2:62715/1‑288 (MQ=255) gacAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGCGCCCACCGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAcc < 2:2065468/284‑1 (MQ=255) atatGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTa > 1:1817022/1‑289 (MQ=255) cTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCATGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGtctc > 1:219013/1‑288 (MQ=255) agCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTa < 2:682669/262‑1 (MQ=255) cGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAAc > 2:895661/1‑288 (MQ=255) aCCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgac < 1:1531285/201‑11 (MQ=255) aCCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGcctgatgacgac > 2:1531285/1‑191 (MQ=255) 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ctcCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGtt > 2:1747106/1‑288 (MQ=255) ccccAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTc > 1:1634142/1‑287 (MQ=255) aGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGAC‑G‑ACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGCGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTAt > 2:1368042/1‑289 (MQ=255) 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> 2:1052107/1‑289 (MQ=255) ||| TCAGAGACGCTAACCACGCAGGTGCCTGACGCTGTTGCCAGTATTGCCCCCACACATCTGCGCCAATATGCAACCGCTGCGGCGCAAAATAGAGCCCACAGGAACGTACCAGCGCGGTATCGCGCGTTATGCTCTCCCCAGCCTGACAACAATAAACCTCTTCCGGGGAGTTTCCGCGACACTGGTAGGGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGGCTGTCAGGTAATGCACTGACTTTGGTCACGCCACTACTG‑C‑TCAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGCATAGGAACGCACATAACGAGCAGGAGGCAGAACGAATTGCCCTTTTTGCGAGAAGCGCAGCAAATGGCGGAAA > CP042583/1900633‑1901189 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |