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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,914,840 | 0 | T | A | 99.5% | 480.1 / NA | 205 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base A (116/88); total (116/89) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
Only 100 of 205 total aligned reads displayed.
AGCCACCCGCCGCAGAGGAAGGACCATCTCCATAGCCTGCTGCGCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCC‑GTTCTGGCTGTAGCTGTCATCAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTATATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCACTAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTACTTGTATAT‑GCCTGGTTGTTATCAAAAATAACATCACTTAAATAAACGTCATTATTAATGGTATAAATTGCGCCACCTTTGCCATCATTAGCGATGTTATTGCGAAACATGGCGTTAGTGACACGTAAATCGACGGCACCAGTATCGTTAGTACCAGAAGAATAGATTGCGCCACCATAGCCGCCTGCGACGTTACCGGAAAAAATAACATCAGTAAGATTCAGCGTACTGTTTTCTTTAGCAAATATGGCCCCGCCGTTATTATATTCTCCTGTAACGG > CP042583/1914561‑1915118 ||| aGCCACCCGCCGCAGAGGAAGGACCATCTCCATAGCCTGCTGCGCTATTGTTCTCATCGACTAACACGCCTCC‑GTTCTGGCTGTAGCTGTCATCAACAGAAATATCAATAAGATAGGGAGCCGTCACGCTATTGGTATATATCGCCCCGCCATAACCTTCGGCAGTGTTATTTGTAAAGGCAGTGTTATTTACTATCGTATAACCTGAAGGATGCTTGCTGTCGCTATTATTATCGGTAACATCGATTGCCCCGCCATCGCCATCACTGTAACTTGTTGATGTATAT‑g > 1:1683186/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |