Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | CP042583 | 1,918,062 | 3 bp→TCG | intergenic (–/–) | – / – | –/– |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,918,062 | 0 | A | T | 99.3% | 720.6 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.33e-01 | |||||||||||
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* | CP042583 | 1,918,063 | 0 | G | C | 99.7% | 722.9 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base C (147/157); total (148/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.85e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
* | CP042583 | 1,918,064 | 0 | C | G | 98.7% | 710.3 / NA | 305 | intergenic (–/–) | –/– | –/– |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/0); new base G (144/157); total (148/157) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.43e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 305 total aligned reads displayed.
TGAAAGCCTCTAATGAGCTGGCGAAAGAGCAAGGCGCGTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGAGTATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTAGCCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGAGCAAAGACGGTATTTTGCGCCAGGTGGTGCCGGACTACGAGCACCTGCACGACGCCTATGAGCTGCTGTGGGAAATGCCGGGTAACGATGGTTATCTGCAACTGGTGGGTATCATGCAGAAATTTATCGATCAGAGCATCTCTGCCAACACCAACTACGATCCGAGTCGCTTCCCGAGTGGAAAAGTGCCGATGCAGCAGTTGCTGAAAGACCTGCTCACCGCCTACAAATTCGGGGTCAAAACACTGTATTATCAGAACACCCGTGACGGCGCTGAAGA > CP042583/1917778‑1918342 ||| aGCTGGCGAAAGAGCAAGGCGCGTGCCCGTGGTTTAACGAAACCACTTACGCGAAAGGGATCCTGCCGATCGATACCTATAAGAAAGATCTGGATACCATCGCTAATGAGCCGCTGCATTACGACTGGGAAGCTCTGCGTGAGTCAATCAAAACGCACGGTCTGCGTAACTCCACGCTTTCTGCTCTGATGCCGTCCGAGACTTCTTCGCAGATCTCTAACGCCACTAACGGTATTGAACCGCCGCGCGGTTACGTCAGCATCAAAGCGTCGAAAGACGGTATTTTgc > 1:1223836/1‑288 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |